如何制作一个“翻译”字母的程序？ [复制]答案

【问题标题】：How to make a program which "translates" letters? [duplicate]如何制作一个“翻译”字母的程序？ [复制]
【发布时间】：2018-06-07 09:07:53
【问题描述】：

我正在尝试制作一个程序，将字母替换为其他字母，例如将“Q”替换为“R”，或将“D”替换为“U”。我被困在这里：

def dna():
    seq = input('Enter the sequence:')
    list1 = list(seq)
    for i in seq:
       if i == 'A':
           seq[i] = 'T'
    return ''.join(list1)

这会返回一个错误。我能做什么？

【问题讨论】：

查看内置函数str.translate()。
你想要的生物信息学转换是什么？这是转录、反向互补或翻译序列，还是别的什么？不管是什么，biopython 都可以为您做到这一点biopython.org 没有更多详细信息，您将无法获得明确的答案
@Chris_Rands 我只想编写一个简单的代码，将 A(Adenin) 转换为 T(Thymin)，G(Guanin) 转换为 C(Cytosin)，反之亦然。我是生物学和 python 的新手，这没有特定的目的。
@coldspeed，这不是一个真正合适的欺骗 IMO，这个问题有一个特定的生物信息学解决方案

标签： python bioinformatics biopython

【解决方案1】：

您的问题有很多答案，但没有一个能解决您的问题，因此请查看您的代码，希望这会有所帮助：

seq 是一个字符串，因此在 python 中是不可变的，所以：

seq[i] = 'T'

不是有效的 python。您已经创建了list1，您的意思是：

list1[i] = 'T'

注意，这仍然行不通，因为i 不是索引，而是seq 中的一个字符，但是您可以使用enumerate() 获取索引和字符，例如：

for i, c in enumerate(seq):
    if c == 'A':
        list1[i] = 'T'
...

在 python 中，str.translate() 非常适合翻译多个字符，例如对于您的简单示例：

def dna():
    t = str.maketrans('A', 'T')
    seq = input('Enter the sequence: ')
    return seq.translate(t)

这很容易扩展，例如A->T 和 G->C 反之亦然：

    t = str.maketrans('AGTC', 'TCAG')

【讨论】：

【解决方案2】：

我只想编写一个简单的代码，将 A(Adenin) 转换为 T(胸腺素)、G(鸟嘌呤)转化为C(胞嘧啶)，反之亦然。

基于此说明，您真正想要做的是补充您的 DNA 序列。 Biopython 提供此功能：

>>> from Bio.Seq import Seq
>>> seq = Seq('ATCGGAT')
>>> seq.complement()
Seq('TAGCCTA', Alphabet())

如果需要，您可以构建自己的实现，biopython 以字母识别方式使用str.translate（检查您是否没有混合 DNA/RNA 等），请参阅source code。

【讨论】：

【解决方案3】：

如果就像将一个字符转换成另一个字符一样简单，您可以使用替换。这是你想要的吗？

def dna():
    seq = input('Enter the sequence: ')
    return seq.replace('A', 'T')

print(dna())

【讨论】：

【解决方案4】：

你可以使用str.replace:

def dna(seq):
  # Replace Q with R
  seq = seq.replace("Q", "R")
  # Replace D with U
  seq = seq.replace("D", "U")
  return seq

seq = input('Enter the sequence:')
print(dna(seq))

输出：

Enter the sequence: QQQDDD
RRRUUU

【讨论】：

【解决方案5】：

这是使用推导式和查找字典的一种方法，它应该更容易扩展以包含更多字符：

mapping = {'Q': 'R', 'D': 'U'}
seq = input('Enter the sequence:')
new = ''.join(mapping.get(c, c) for c in seq)

示例输入“QUAD”变为“RUAU”。

【讨论】：

【解决方案6】：

def dna():
    d={'Adenin':'Thymin','Thymin':'Adenin','Guanin':'Cytosin','Cytosin':'Guanin'}
    seq = raw_input('Enter the sequence:')
    return d[seq]
print dna()

简单来说，你可以尝试制作字典，尝试将 A(Adenin) 转换为 T(Thymin)，G(Guanin) 转换为 C(Cytosin)，反之亦然。

【讨论】：