在Python中按列表元素过滤csv内容答案

【问题标题】：csv content filtering by list elments in Python在Python中按列表元素过滤csv内容
【发布时间】：2016-12-05 16:06:07
【问题描述】：

我被困在从一段简单的 Python 代码中获得正确的结果（无论如何我是 Python 初学者）。给定一个 csv 输入文件 (ListInput.csv)： pKT、pET、pUT、

以及另一个包含许多这些元素的特征的 csv 文件 (Table.csv)：

pBR,156,AATGGT,673,HHHTTTT,
pUT,54,CCATGTACCTAT,187,PRPTP,
pHTM,164,GGTATAG,971,WYT,
pKT,12,GCATACAGGAC,349,,
pET,87,GTGACGGTA,506,PPMK,

............等等

我的目标是根据第一个 csv 文件元素进行选择，以便将 csv 文件作为输出 (WorkingList.txt)，在这种情况下，预期结果是：

pKT,12,GCATACAGGAC,349,,
pET,87,GTGACGGTA,506,PPMK,
pUT,54,CCATGTACCTAT,187,PRPTP,

我编写了以下脚本，它没有给出错误，但最终得到一个空文件作为输出。我试图理解为什么几天没有成功。非常感谢任何帮助。

#!/usr/bin/python
import csv

v = open('ListInput.csv', 'rt')
csv_v = csv.reader(v)

vt = open('Table.csv', 'rt')
csv_vt = csv.reader(vt)

with open("WorkingList.txt", "a+t") as myfile:
    pass


for el in csv_v:
    for var in csv_vt:
        if el == var[0]:
            myfile.write(var)

myfile.close()

【问题讨论】：

标签： python csv filter

【解决方案1】：

第一个问题：

您在第一次迭代时使用了输入 csv 迭代器 csv_vt。你需要做的：

vt.seek(0)

为内部循环倒回文件。这留下了 O(n^2) 搜索算法，但至少它有效。

第二个问题：

您在 with 块中打开和关闭 my_file。当你到达你的for 循环时，my_file 已经关闭，因为你走出了with 块（这是with 块的保证）。

在尝试写入输出时，您是否遇到过与“对关闭的文件进行操作”的交叉路径的第一个问题。

我将重写 with 块中的最后一部分并删除 close()。

第三个问题

您不能将列表写入文件，您必须先创建一个csv.writer 对象。

所以总结一下，你可以用下面的代码解决所有问题加上性能问题：

#!/usr/bin/python
import csv

v = open('ListInput.csv', 'rt')
csv_v = csv.reader(v)

with open('Table.csv', 'rt') as vt:
    csv_vt = csv.reader(vt)
    # create a dictionary to speed up lookup
    # read the table only once
    vdict = {var[0]:var for var in csv_vt}

with open("WorkingList.txt", newline="") as myfile:  # for Python 3.x
## with open("WorkingList.txt", "wb") as myfile:  # for Python 2
    cw = csv.writer(myfile)
    for el in csv_v:
        if el[0] in vdict:
            cw.writerow(vdict[el])

v.close()

vdict 是替换您的内部循环的查找表（仅在“键”是唯一的情况下才有效，考虑到您的输入样本似乎就是这种情况）

【讨论】：

此代码不起作用。我真的很感谢你的帮助。现在，我将尝试找到一种不同的成功方法来解决这个问题。

【解决方案2】：

解决了！这是一段有效的代码：

import csv

with open('ListInput.csv', 'rt') as csvfile:
    readCSV = csv.reader(csvfile, delimiter=',')
    vinput = []
    flist = []
    for row in readCSV:
        vi = row
        vinput.append(vi)

        print(vinput)

with open('Table.csv', 'rt') as csvfile:
    readTable = csv.reader(csvfile, delimiter=',')
    vtable = []
    for row in readTable:
        vt = row
        for rig in vi:
            el = rig
            if str(el) in vt:
                vtable.append(vt)


    print(vtable)        

with open (r'WorkingTable.csv', 'w', newline='') as write_file:
    write=csv.writer(write_file)
    write.writerows([r] for r in vtable)

【讨论】：