【问题标题】:Gradient descent using TensorFlow is much slower than a basic Python implementation, why?使用 TensorFlow 的梯度下降比基本的 Python 实现慢得多,为什么?
【发布时间】:2020-12-29 12:49:11
【问题描述】:

我正在学习机器学习课程。我有一个简单的线性回归 (LR) 问题来帮助我习惯 TensorFlow。 LR 问题是找到参数a 和b 使得Y = a*X + b 近似于(x, y) 点云(为了简单起见,我自己生成了)。

我正在使用“固定步长梯度下降 (FSSGD)”解决这个 LR 问题。我使用 TensorFlow 实现了它并且它可以工作,但我注意到它在 GPU 和 CPU 上都非常慢。因为我很好奇,我自己在 Python/NumPy 中实现了 FSSGD,并且正如预期的那样,它运行得更快,大约:

  • 比 TF@CPU 快 10 倍
  • 比 TF@GPU 快 20 倍

如果 TensorFlow 这么慢,我无法想象有这么多人在使用这个框架。所以我一定做错了什么。任何人都可以帮助我,这样我就可以加速我的 TensorFlow 实现。

我对 CPU 和 GPU 性能之间的差异不感兴趣。提供这两个性能指标只是为了完整性和说明。 我对为什么我的 TensorFlow 实现比原始 Python/NumPy 实现慢得多感兴趣。

作为参考,我在下面添加我的代码。

  • 精简为一个最小(但可以正常工作)的示例。
  • 使用Python v3.7.9 x64。
  • 暂时使用tensorflow-gpu==1.15(因为课程使用TensorFlow v1)
  • 经测试可在 Spyder 和 PyCharm 中运行。

我使用 TensorFlow 的 FSSGD 实现(执行时间大约 40 秒 @CPU 到 80 秒 @GPU):

#%% General imports
import numpy as np
import timeit
import tensorflow.compat.v1 as tf


#%% Get input data
# Generate simulated input data
x_data_input = np.arange(100, step=0.1)
y_data_input = x_data_input + 20 * np.sin(x_data_input/10) + 15


#%% Define tensorflow model
# Define data size
n_samples = x_data_input.shape[0]

# Tensorflow is finicky about shapes, so resize
x_data = np.reshape(x_data_input, (n_samples, 1))
y_data = np.reshape(y_data_input, (n_samples, 1))

# Define placeholders for input
X = tf.placeholder(tf.float32, shape=(n_samples, 1), name="tf_x_data")
Y = tf.placeholder(tf.float32, shape=(n_samples, 1), name="tf_y_data")

# Define variables to be learned
with tf.variable_scope("linear-regression", reuse=tf.AUTO_REUSE): #reuse= True | False | tf.AUTO_REUSE
    W = tf.get_variable("weights", (1, 1), initializer=tf.constant_initializer(0.0))
    b = tf.get_variable("bias", (1,), initializer=tf.constant_initializer(0.0))

# Define loss function    
Y_pred = tf.matmul(X, W) + b
loss = tf.reduce_sum((Y - Y_pred) ** 2 / n_samples)  # Quadratic loss function


# %% Solve tensorflow model
#Define algorithm parameters
total_iterations = 1e5  # Defines total training iterations

#Construct TensorFlow optimizer
with tf.variable_scope("linear-regression", reuse=tf.AUTO_REUSE): #reuse= True | False | tf.AUTO_REUSE
    opt = tf.train.GradientDescentOptimizer(learning_rate = 1e-4)
    opt_operation = opt.minimize(loss, name="GDO")

#To measure execution time
time_start = timeit.default_timer()

with tf.Session() as sess:
    #Initialize variables
    sess.run(tf.global_variables_initializer())
    
    #Train variables
    for index in range(int(total_iterations)):
        _, loss_val_tmp = sess.run([opt_operation, loss], feed_dict={X: x_data, Y: y_data})
    
    #Get final values of variables
    W_val, b_val, loss_val = sess.run([W, b, loss], feed_dict={X: x_data, Y: y_data})
      
#Print execution time      
time_end = timeit.default_timer()
print('')
print("Time to execute code: {0:0.9f} sec.".format(time_end - time_start))
print('')


# %% Print results
print('')
print('Iteration = {0:0.3f}'.format(total_iterations))
print('W_val = {0:0.3f}'.format(W_val[0,0]))
print('b_val = {0:0.3f}'.format(b_val[0]))
print('')

我自己的python FSSGD实现(执行时间约4秒):

#%% General imports
import numpy as np
import timeit


#%% Get input data
# Define input data
x_data_input = np.arange(100, step=0.1)
y_data_input = x_data_input + 20 * np.sin(x_data_input/10) + 15


#%% Define Gradient Descent (GD) model
# Define data size
n_samples = x_data_input.shape[0]

#Initialize data
W = 0.0  # Initial condition
b = 0.0  # Initial condition

# Compute initial loss
y_gd_approx = W*x_data_input+b
loss = np.sum((y_data_input - y_gd_approx)**2)/n_samples  # Quadratic loss function


#%% Execute Gradient Descent algorithm
#Define algorithm parameters
total_iterations = 1e5  # Defines total training iterations
GD_stepsize = 1e-4  # Gradient Descent fixed step size

#To measure execution time
time_start = timeit.default_timer()

for index in range(int(total_iterations)):
    #Compute gradient (derived manually for the quadratic cost function)
    loss_gradient_W = 2.0/n_samples*np.sum(-x_data_input*(y_data_input - y_gd_approx))
    loss_gradient_b = 2.0/n_samples*np.sum(-1*(y_data_input - y_gd_approx))
    
    #Update trainable variables using fixed step size gradient descent
    W = W - GD_stepsize * loss_gradient_W
    b = b - GD_stepsize * loss_gradient_b
    
    #Compute loss
    y_gd_approx = W*x_data_input+b
    loss = np.sum((y_data_input - y_gd_approx)**2)/x_data_input.shape[0]

#Print execution time 
time_end = timeit.default_timer()
print('')
print("Time to execute code: {0:0.9f} sec.".format(time_end - time_start))
print('')


# %% Print results
print('')
print('Iteration = {0:0.3f}'.format(total_iterations))
print('W_val = {0:0.3f}'.format(W))
print('b_val = {0:0.3f}'.format(b))
print('')

【问题讨论】:

标签: python python-3.x tensorflow linear-regression gradient-descent


【解决方案1】:

我认为这是大迭代次数的结果。我将迭代号从1e5 更改为1e3,并将x 从x_data_input = np.arange(100, step=0.1) 更改为x_data_input = np.arange(100, step=0.0001)。这样,我减少了迭代次数,但将计算量增加了 10 倍。使用 np 可以在 22 秒 内完成,而在 tensorflow 中可以在 25 秒 内完成。

我的猜测:tensorflow 在每次迭代中都有很多开销(给我们一个可以做很多事情的框架)但是前向传播和后向传播速度还可以。

【讨论】:

  • 您的建议的问题是解决方案仍未收敛(尚未达到局部最小值)。由于步长有限(但增加步长会使算法发散),因此只需要如此多的迭代。然而,有趣的是,如果数据点的数量增加(以及每次迭代的计算负载),执行时间的差异会变小。似乎 TensorFlow 确实更有效地执行了计算,但每次迭代都会带来很大的开销。谢谢!这有助于我理解。
  • @Stefan 我很高兴它有帮助。但不要忘记您的代码只是一个示例。也许在这个例子中,为了得到一个好的结果,np 工作得更快,但一般来说,你不会经常看到这种情况(一个 looooot 的 epoch 和一个 liiiittle 计算每个 epoch)。所以总的来说 tensorflow 效果很好
  • @Stefan 我为我的第二条评论道歉(因为它是错误的,我已将其删除)。这里您的示例的主要问题是输入范围(数据最好具有零均值和单位标准偏差)。所以我已经做到了,并通过几次迭代得到了很好的结果。我让您访问 colab 上的相关代码(仅一天,如果您需要更多时间,请告诉我):colab.research.google.com/drive/…
  • 谢谢!很有意思。当我有时间时,cs231n 已经在我的遗愿清单上(现在我正在做 cs234)。还有一个问题,我是否也应该对 y 数据进行归一化?
  • @Stefan 实际上我不记得有任何对输出进行标准化的问题,而且我看不出有任何理由这样做。我认为这样做只会影响学习率。所以我的回答是否定的(但我不确定)。旁注:您可以在隐藏层中看到归一化(BatchNormalization),这确实很有帮助,您可以在上述链接 (cs231n) 中找到原因。
【解决方案2】:

我的问题的实际答案隐藏在各种 cmets 中。对于未来的读者,我将在这个答案中总结这些发现。

关于 TensorFlow 和原始 Python/NumPy 实现之间的速度差异

这部分答案其实还挺合乎逻辑的。

每次迭代(= 每次调用 Session.run())TensorFlow 都会执行计算。 TensorFlow 在启动每个计算时有很大的开销。在 GPU 上,这种开销甚至比在 CPU 上还要糟糕。然而,TensorFlow 执行实际计算的效率比上述原始 Python/NumPy 实现的效率更高。

因此,当数据点的数量增加时,每次迭代的计算次数也会增加,您会看到 TensorFlow 和 Python/NumPy 之间的相对性能会随着 TensorFlow 的优势而发生变化。反之亦然。

问题中描述的问题非常小,意味着计算次数非常少,而迭代次数非常多。这就是 TensorFlow 表现如此糟糕的原因。这类小问题并不是 TensorFlow 设计的典型用例。

减少执行时间

TensorFlow 脚本的执行时间仍然可以减少很多!为了减少执行时间,必须减少迭代次数(无论问题大小,这都是一个好的目标)。

正如@amin 所指出的,这是通过缩放输入数据来实现的。一个非常简单的解释为什么这样做:梯度和变量更新的大小与要找到值的绝对值相比更加平衡。因此,需要更少的步骤(= 迭代)。

在@amin 的建议下,我最终按如下方式缩放了我的 x 数据(重复了一些代码以使新代码的位置清晰):

# Tensorflow is finicky about shapes, so resize
x_data = np.reshape(x_data_input, (n_samples, 1))
y_data = np.reshape(y_data_input, (n_samples, 1))

### START NEW CODE ###

# Scale x_data
x_mean = np.mean(x_data)
x_std = np.std(x_data)
x_data = (x_data - x_mean) / x_std

### END NEW CODE ###

# Define placeholders for input
X = tf.placeholder(tf.float32, shape=(n_samples, 1), name="tf_x_data")
Y = tf.placeholder(tf.float32, shape=(n_samples, 1), name="tf_y_data")

缩放将收敛速度提高 1000 倍。需要1e5 iterations,而不是1e2 iterations。这部分是因为可以使用最大的step size of 1e-1 而不是step size of 1e-4。

请注意,找到的权重和偏差是不同的,您必须从现在开始提供缩放数据。

(可选)您可以选择取消缩放找到的权重和偏差,以便提供未缩放的数据。使用此代码完成缩放(放在代码末尾的某处):

#%% Unscaling
W_val_unscaled = W_val[0,0]/x_std
b_val_unscaled = b_val[0]-x_mean*W_val[0,0]/x_std

【讨论】:

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