从 matplotlib 中的三列数组绘制轮廓

Question

我有一个三列数组，包含两个参数，即 x 和 y 轴，以及这两个参数的卡方。考虑到卡方值，我应该制作这两个参数的网格，然后绘制 1-sigma、2-sigma 和 3-sigma 等高线。我怎样才能在 matplotlib 中做到这一点？ 这是我的代码： x（这是“1.txt”文件中的第二列）和y（这是第三列）应该从min到max排列，为了制作x和y轴，我认为可以使用meshgrid完成.而 z（“1.txt”文件中的第一列）是卡方。

import numpy as np 
import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib.mlab import griddata
x = np.genfromtxt('1.txt', usecols=(1))
y = np.genfromtxt('1.txt', usecols=(2))
z = np.genfromtxt('1.txt', usecols=(0))
plt.figure()
X, Y = np.meshgrid(x,y) 
Z= griddata(x,y,z,X,Y)
contour=plt.contour(X,Y,Z)
plt.show()

此代码遇到错误： “RuntimeError：要在 griddata 中使用 interp='nn'（自然邻域插值），必须安装 natgrid。从 http://github.com/matplotlib/natgrid 安装它或改用 interp='linear'。” 当我使用 interp='linear' 时，运行代码会持续很长时间而没有任何结果。有什么办法可以解决这个问题吗？

Answer 1

您似乎正在为列中的所有值创建一个“网格”。相反，您可能希望以递增的顺序创建一个规则的数字网格。例如。在数据的最小值和最大值之间使用 100 个值

X = np.linspace(x.min(), x.max(), 100)
Y = np.linspace(y.min(), y.max(), 100)
Z = griddata(x, y, z, xi, yi, interp='linear')
contour=plt.contour(X, Y, Z)

另见example。

但请注意，matplotlib.mlab.griddata 已在较新版本的 matplotlib 中被删除。 new example 告诉你一些替代方案。

特别考虑使用原始值x,y,z 直接绘制三角轮廓，

plt.tricontour(x,y,z)