在 knitr 中使用 R 环境中定义的变量答案

【问题标题】：Using variables defined in R environment within knitr在 knitr 中使用 R 环境中定义的变量
【发布时间】：2015-09-16 20:05:20
【问题描述】：

我想使用 knitr 生成一个文档，其中包含在 R 中单独定义的数字、表格和图形。我有一个单独的 .R 脚本，我在其中定义了感兴趣的变量，并且我已经执行了这个脚本并验证变量是否在内存中。然后，在.Rmd 文件中，我有 R 标记代码，我尝试在其中显示我在 R 中定义的变量。每当我尝试编织时，我都会收到错误消息，说明如下：

unique(c("AsIs", oldClass(x))) 中的错误：找不到对象“lamdaQ6”...

显然，knitr 进程启动了一个新环境，该环境排除了已定义的变量。我有相当广泛的 R 代码来定义要包含在文档中的变量，我希望将其与 R 标记代码分开（为了清楚起见，并且因为 R 标记不是 R 的良好开发环境）。

是否有一些方法可以在 knitr 中保留对 R 内存中现有变量的认识？我已经广泛搜索并没有找到解决方案，可能是因为我不知道正确的术语。

【问题讨论】：

您可以通过在一个块中获取.R 脚本来执行您的代码。
这是有道理的。但是，我在文档的顶部（在“标题”部分之后）这样做了，采购过程没有问题，但随后它继续给出相同的错误，即无法找到该 R 文档中定义的数据。在此之前，我还尝试将缓存设置为 true。这是我在标题部分之后添加的内容（R 代码定义了变量 lambdaQ6）： [code]{r setup, include=FALSE} knitr::opts_chunk$set(cache=TRUE) {r,echo=FALSE} setwd("c:\\Kinetics") source("Kinetics.R") Decay Rate: lambda = r lamdaQ6[/code]

标签： knitr

【解决方案1】：

Paul Roub 提供的解决方案奏效了——我认为它没有，但结果证明是我自己的错字造成的。

一个更简洁的解决方案是使用“保存”来仅保存创建文档所需的对象，而不是获取整个 R 文件。我在 .R 文件的末尾添加了一行来保存对象，然后使用“load”将对象加载到 .Rmd 脚本的顶部。

所以，在 .R 文件的末尾，为了保存对象 XX 和 YY，我有：

保存(XX,YY,file="Data4Rmd.RData")

然后，在 .Rmd 文件的开头附近，要导入这些对象，我有：

```

{r,echo=FALSE}

setwd("c:\CurrentProjectDirectory")

加载(file="Data4Rmd.RData")

```

这让我以后可以使用如下语句：

衰减率为 lambda = `r XX`，平均寿命为 `r YY`。

另一种选择可能是保存和加载整个工作区，但这似乎太过分了。

感谢保罗的帮助，非常感谢:)

【讨论】：