'circos' 风格的情节与 matplotlib？ [关闭]

Question

有人知道是否有办法使用matplotlib python 包或任何其他 python 库制作circos-style 绘图？它们不必像示例那样漂亮。

Answer 1

据我所知，没有直接的功能。如果我要创建这个功能，我会使用polar plots 作为起点，然后我会创建一个transformation 来将沿圆轴的数据位置转换为极坐标。

Answer 2

Yann 的想法很棒。而且，circos 是 Perl 用 GD 等模块开发的，然后输出 SVG（或 png）。如果你想创建新的轮子，Python 也可以这样做:)

据我所知，如果你想要 matplotlib 的 circos 风格图像（圆形风格），你最好直接编写原始 python 代码：

1. 学习基本的 SVG 语法
2. 使用python生成基本布局
3. 设计您的图像元素
4. 计算和转换数据坐标；你最好在极坐标中思考（我做了同样的事情，但没有开源。）
5. 输出您的元素。

如果喜欢，可以加入circos的google群讨论：http://groups.google.com/group/circos-data-visualization

Answer 3

Biopython 的模块 GenomeDiagram 似乎有类似的功能，虽然它是为绘制基因组数据而设计的，但不是任何数据，如 circos，输出不会那么好。