Niftynet：错误：参数--axcodes：预期的字符串列表

Question

我刚刚开始探索 NiftyNet，我认为这将对我的项目有所帮助。

我正在尝试使用分段应用程序训练网络进行分段。但是，我构建了自己的 config.ini 文件，并且在运行 net_run.py 时收到错误消息：

“错误：参数--axcodes：预期的字符串列表，对于每个列表元素，允许的字符：[a-zA-Z0-9_-]，但收到''”

我遵循配置文件要求设置axcodes=A,R,S。我还尝试了不同的字符串列表 ('A','R','S'; [A,R,S]; (A,R,S); ...)

我的 config.ini 文件状态：

[T2]
csv_file = /home/jose/niftynet/data/uNet/test_data/data_file.csv
spatial_window_size = (257,257,30)
pixdim = (1.0, 1.0, 1.0)
axcodes= A,R,S
interp_order = 1

我做错了什么？

Answer 1

您可能已经尝试过axcodes=['A', 'R', 'S']，它只返回字母“A”、“R”和“S”，并且可能会触发错误，因为程序会在每个字符串中查找另一种类型的信息。所以我认为您正在寻找以正确方式使用变量的A = str(A)，即'variable value A 转换为“字符串A”。

在 [A, R, S] 的情况下，其中一个变量可能是整数。试试：

A = str(A)
R = str(R)
S = str(S)

axcodes = [A, R, S]

在 ('A', 'R', 'S') 的情况下，您指的是元组列表中的字符串，而不是列表列表。

在 (A,R,S) 的情况下，您指的是元组列表之外的变量。

另外：尝试使用print "Variable "%s" is type %s" % (A, type(A))，看看类型的变量“A”是什么。

编辑 1：

尝试以下操作（包括文件：根文件夹“.”；放置括号并将interp_order 增加到默认值）

csv_file = ./home/jose/niftynet/data/uNet/test_data/data_file.csv
spatial_window_size = (257,257,30)
pixdim = (1.0, 1.0, 1.0)
axcodes= (A,R,S)
interp_order = 3

编辑 2：

根据文档here 它应该是axcodes=('A', 'R', 'S') 但你说你试过了。也许字母顺序是关键。

Answer 2

问题出在 config.ini 文件的其余部分。

在[parcellation] 部分我有另一个axcodes='' 给出了错误。