我正在使用 bigmemory 包。我想计算w。我的v长度是478000，k长度是240500。两个矩阵相乘w很大。
我循环运行代码，但它仍在运行，尚未完成，我不知道是否会给我结果。
我试图在没有 for 循环的情况下计算它，但我得到了错误。请任何帮助来纠正我的代码以使其更快。
v <-read.big.matrix('v.dat',type='double')
k <-read.big.matrix('k.dat',type='double')
m=length(v);
n=length(k);
for(i in 1:m)
{
for(j in 1:n)
{
w[i,j] = 2 * cos(dt * v[i] * k[j]) - 2
}
}
我如何在循环之前定义 w，因为 w 的大小非常大，我不能像 w <- matrix(nr,ncol) 那样做。
【问题讨论】：
标签： r ehcache-bigmemory
预分配矩阵可以这样完成：
m = matrix(rep(0, number_or_rows*number_of_columns),
number_of_rows, number_of_columns))
这将创建一个矩阵，其中包含在变量 number_of_rows 和 number_of_columns 中定义的行数和列数，最初用全 0 填充。
可能会出现问题的是，因为w 的大小等于v 和k，所以在填充w 时很可能会遇到内存问题。您也可以通过为w 使用bigmemory 矩阵或分块运行分析来解决此问题。
【讨论】：
您需要使用“big.matrix”类构造函数，并且由于您显然超出了 RAM 资源，因此您似乎有必要将其定义为“filebacked.big.matrix”
w <- filebacked.big.matrix( m, n , # additional arguments to allocate files and dims
)
见最后一个例子：
help(big.matrix, package=bigmemory)
【讨论】：
agstudy 是在正确的轨道上，但你可以在这里使用outer，因为
w <- outer(v,k,FUN=function(x,y) 2*cos(x*y)-2 )
v<-runif(10)
k<-runif(10)
m=length(v);
n=length(k);
w<-matrix(nr=m,nc=n)
for(i in 1:m)
{
for(j in 1:n)
{
w[i,j] = 2 * cos( v[i] * k[j]) - 2
}
}
ww <- outer(v,k,function(x,y) 2*cos(x*y)-2)
测试：ww-w 是一个零矩阵。
【讨论】：
我会使用 R 矢量化功能做这样的事情：
for(i in 1:m)
{
w[i] = 2 * cos(dt * v[i] * k) - 2 # I compute n terms here
}
【讨论】：