按列值子集数据答案

【问题标题】：Subset data by column values按列值子集数据
【发布时间】：2018-08-22 15:52:18
【问题描述】：

我有以下数据：“文件”

V1 V2
1 Gene1
2 Gene2
4 Gene3
5 Gene4
6 Gene5

我有一份想要保留的基因列表：

Gene <- (Gene3, Gene4, Gene5)

如何遍历这些基因，仅选择列表中的特定基因并保留行信息？

我试过没有用：

test <- c()
for (i in Genes) {
 test <- File[(File[,2][i]),]
}

有没有更好的方法来做到这一点？

【问题讨论】：

你能提供一个小数据集吗？
对不起，我试图简化数据。我正在使用 hg19 数据库。我想根据我整理的列表从 hg19 中提取基因名称，循环遍历每个基因，直到所有基因都被恢复。我还想保留行信息，因为我试图保留每个基因的 CHR、起始 bp 和结束 bp。
test<-File[File$V2 %in% Gene,]

标签： r loops

【解决方案1】：

使用tidyverse，您可以将filter 函数与%in% 结合使用：

library(tidyverse)

df <- read.table(text = "
V1 V2
1 Gene1
                 2 Gene2
                 4 Gene3
                 5 Gene4
                 6 Gene5
                 ", header = TRUE)


Gene <- c("Gene3", "Gene4", "Gene5")

df %>% 
  filter(V2 %in% Gene)

#   V1    V2
#1  4 Gene3
#2  5 Gene4
#3  6 Gene5

【讨论】：