在 R 中创建空矩阵并填充日期匹配值

Question

我对 R 很陌生，并为我的帖子不是通常的格式提前道歉（我尝试使用 dput() 但得到一个奇怪的输出并且不知道如何上传数据集我真的很抱歉）。

我有一个包含 6 列（站点、开始日期、结束日期、照片日期、物种、个体）的数据集。例如：

site    year    startdate   enddate photodate   species indiv
M1_7    2012    19/07/2012  10/08/2012  20/07/2012  Sylvicapra grimmia  1
M1_7    2012    19/07/2012  10/08/2012  23/07/2012  Crocuta crocuta 1
M1_7    2012    19/07/2012  10/08/2012  23/07/2012  Potamochoerus larvatus  1
M1_7    2012    19/07/2012  10/08/2012  25/07/2012  Hystrix cristata    1
M1_7    2012    19/07/2012  10/08/2012  27/07/2012  Potamochoerus larvatus  1
M1_7    2012    19/07/2012  10/08/2012  27/07/2012  Sylvicapra grimmia  1
M1_7    2012    19/07/2012  10/08/2012  28/07/2012  Hippotragus equinus     1
M1_7    2012    19/07/2012  10/08/2012  30/07/2012  Crocuta crocuta 1
M1_7    2012    19/07/2012  10/08/2012  01/08/2012  Equus q. boehmi 1
M1_7    2012    19/07/2012  10/08/2012  01/08/2012  Crocuta crocuta 1
M1_7    2012    19/07/2012  10/08/2012  05/08/2012  Potamochoerus larvatus  1
M1_7    2012    19/07/2012  10/08/2012  07/08/2012  Hippotragus equinus     1
M1_9    2012    21/07/2012  11/08/2012  24/07/2012  Pedetes capensis    1
M1_9    2012    21/07/2012  11/08/2012  24/07/2012  Crocuta crocuta 2
M1_9    2012    21/07/2012  11/08/2012  24/07/2012  Pedetes capensis    1
M1_9    2012    21/07/2012  11/08/2012  27/07/2012  Pedetes capensis    1
M1_9    2012    21/07/2012  11/08/2012  01/08/2012  Alcelaphus b. lichtensteinii    1
M1_9    2012    21/07/2012  11/08/2012  03/08/2012  Pedetes capensis    1
M1_9    2012    21/07/2012  11/08/2012  04/08/2012  Crocuta crocuta 1
M1_9    2012    21/07/2012  11/08/2012  06/08/2012  Pedetes capensis    1
M1_9    2012    21/07/2012  11/08/2012  07/08/2012  Pedetes capensis    1
M1_9    2012    21/07/2012  11/08/2012  08/08/2012  Pedetes capensis    1
M1_11   2012    21/07/2012  11/08/2012  26/07/2012  Mellivora capensis  1
M1_11   2012    21/07/2012  11/08/2012  03/08/2012  Sylvicapra grimmia  1
M1_11   2012    21/07/2012  11/08/2012  07/08/2012  Hystrix cristata    1
M1_11   2012    21/07/2012  11/08/2012  08/08/2012  Potamochoerus larvatus  1

我一直在尝试编写一个循环来创建一个 49 列矩阵，其中第 1 列对应于站点，第 2 列对应于站点内“startdate”和“enddate”之间的日期序列，第 3:49 列到物种名称。在列 3:49 下的单元格中，我想用在特定日期对特定物种的计数数据 (indiv) 求和得出的数据填充它们。

到目前为止，我只能创建一个与我想要的对应的空矩阵，但无法填写数据。这是我使用的代码：

mlele2012<- read.delim("C:\\multiple regression\\mlele 2012 empty matrix creation.txt")
africa <- read.delim("C:\\species accumulation curves\\COMPLETE species list.txt")
specieslistx<-unique(africa)
specieslistx<-t(specieslistx) 

oldtemp<-NULL 
temp <- rep(0, length(specieslistx ))

strptime(mlele2012$photodate, "%Y-%m-%d")
strptime(mlele2012$startdate, "%d/%m/%Y")
strptime(mlele2012$enddate, "%d/%m/%Y")

#create empty dataframe with dimensions: no. of sites x no. of dates in each

for(i in levels(mlele2012$site))    { ##for each site

    sitetemp <- subset(mlele2012, site == i) ###subset of dataset , for the particular site i##

    sitetemp$startdate<- as.Date(sitetemp$startdate, "%d/%m/%Y")
    sitetemp$enddate<- as.Date(sitetemp$enddate, "%d/%m/%Y")

    sitedatelist<-seq(as.Date(sitetemp$startdate[1]), as.Date(sitetemp$enddate[1]), "days")

    empty<-matrix(0,length(sitedatelist),length(specieslistx))
    sitedatelist1<-as.character(sitedatelist)
    row.names(empty)<-(sitedatelist1)
    colnames(empty)<-specieslistx

    addsitecol<-matrix(0,length(sitedatelist),1)
    extendempty<-cbind(addsitecol,empty)
    extendempty[,1]<-i
    oldtemp<-rbind(oldtemp, extendempty)
}

write.csv(oldtemp, "Mlele 2012 dry empty.csv")

此外，我一直在尝试提取以创建另一个格式/尺寸相同的矩阵，但没有多余的日期（即只有“photodate”列中的日期，而不是“startdate”和“enddate”之间的序列）。我希望我最终能以某种方式合并这两个矩阵以获得我最终需要的东西。不幸的是，这段代码不起作用，尽管似乎没有错误。这是我的代码的第二部分：

for(i in mlele2012$site)    {    
   sitetemp <- subset(mlele2012, site == i) ###subset of dataset "allsites", for the particular site i##
   for(j in sitetemp$photodate){
      datetemp <- subset(sitetemp, photodate == j) ###subset of dataset "africaa", for the particular date i#
      uniquespperdate <- unique(datetemp$species)###unique species within each date (row) i#
      temp <- rep(0, length(specieslistx)) #create a temporary vector of 0s with the same length as the species list###

      for(a in uniquespperdate){
         sptemp <- subset(datetemp , species == a) ###subset of dataset "sitetemp", for the particular sp j##
         countdata<-sum(sptemp$indiv)
         index <- pmatch(a, names(temp)) ###match the unique species per date to the location on the species list###
         #there is a problem here, it works when run as a single line but not within a loop
         temp[index] <- countdata   ###for the locations listed in "index", assign the count data to the temporary vector###
         names(temp)<- specieslistx
      }
   }        
   oldtemp <- rbind(oldtemp, temp) ### bind the new temp file to the old temp file, i.e. update the list as the loop runs###
}

任何帮助将不胜感激。请让我知道是否可以提供任何详细信息以使问题更清楚。

Answer 1

我可以通过以下方式了解您的示例：

> ftable(xtabs(indiv~site+year+species, data=dat) )
           species boehmi capensis cristata crocuta equinus grimmia larvatus lichtensteinii
site  year                                                                                 
M1_11 2012              0        1        1       0       0       1        1              0
M1_7  2012              1        0        1       3       2       2        3              0
M1_9  2012              0        7        0       3       0       0        0              1

我确实使用 genus/species 作为两列输入了数据，因为您没有提供请求的 dput 版本。

Answer 2

有点乱，但不初始化空矩阵，你可以这样做：

如果df 是您的初始数据：

result = do.call("rbind",lapply(levels(df$site),function(x){
    do.call("rbind",lapply(levels(df$startdate),function(y){
        do.call("rbind",lapply(levels(df$enddate),function(z){
            foo <- rep(0,length(levels(df$species)))
            names(foo) <- levels(df$species)
            foo[df$species[df$site==x & df$startdate==y & df$enddate==z]] <- df$indiv[df$site==x & df$startdate==y & df$enddate==z]
            c(x,y,z,foo)
        }))
    }))
}))

result 应该包含您寻找的矩阵（我希望）。