MRREL 上的 NIH UMLS 数据模型答案

【问题标题】：NIH UMLS Data Model on MRRELMRREL 上的 NIH UMLS 数据模型
【发布时间】：2015-06-27 18:07:47
【问题描述】：

我正在使用 MySQL 本地副本中的统一医学语言系统 (UMLS) 数据库。我目前正在尝试通过此网页了解数据结构：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK9685/

我正在尝试识别 CUI2 中的概念。但是，我对这个结果感到困惑：

SELECT y.* FROM mrrel r INNER JOIN mrconso y ON r.cui2 = y.CUI;

正好 1 个结果。与其胡乱猜测——是不是我的 sql？这是桌子上的错误吗？我误解了模式吗？——我非常感谢 UMLS 社区的一些反馈。如何正确地将 MRREL.cui2 链接到数据库中的其他表？是否在某处发布了完整的数据模型？

谢谢！

【问题讨论】：

为了后人，我找到了线索。 MRREL、MRSTY 和 MRSCONSO 表在 CUI 字段中都有前导“\n”字符。在 MRREL 中，仅在 CUI1 中，不在 CUI2 中。如果这能解决问题，我会再次发表评论。我通过使用stackoverflow.com/questions/1504962/… 解决了这个问题

标签： mysql medical

【解决方案1】：

布赖恩，

不知道您是如何创建子集的，我稍微修改了您的查询，并针对 2015AA 版本的完整 Metathesaurus 子集运行它。 SELECT count(DISTINCT y.cui) FROM mrrel r INNER JOIN mrconso y ON r.cui2 = y.CUI ; 我取回了 3074046 个独特的 CUI。也许您可以将您的 mmsys.log 文件发送给我，以确保您的子集正确完成？此外，您还可以使用几个 ER 图和sample queries on our website，这有助于理解 RRF 数据模型。另外，您的 MRREL 表中有多少行？

【讨论】：

我在 2015AA 上跑步。我在 mrrel 中有 27,612,106 个。这个查询仍然没有带来任何结果，但我确保我没有更多的前导/尾随字符。
另一条线索，MRCONSO 表除了一个 CUI 之外的所有 CUI 都为 bit_length 56，其中 MRSTY 的除了一个 CUI2 以外的所有 CUI 都 > 56。 select count(*) from mrrel where bit_length(cui2) > 56; 玩这个，只有一个 MRCONSO.CUI 应该匹配 MRSTY.CUI2。恐怕我不懂数据模型。
在 user3653270 的帮助下，我完成了重新安装。更正了换行符和位长度问题。