ImportError：在 readthedocs 服务器上安装要求时没有名为“Cython”的模块答案

【问题标题】：ImportError: No module named 'Cython' when installing requirements on readthedocs serverImportError：在 readthedocs 服务器上安装要求时没有名为“Cython”的模块
【发布时间】：2018-05-15 20:41:51
【问题描述】：

我想使用扩展来自动生成代码 sn-ps 中示例的输出以用于 readthedocs。我找到了一个执行此操作的模块 sphinx-autorun。但是，当我尝试安装我的包所需的所有模块时（在 readthedocs 的要求中），我在 readthedocs 的构建日志中收到错误，即：

Complete output from command python setup.py egg_info:
Traceback (most recent call last):
  File "<string>", line 1, in <module>
  File "/tmp/pip-build-tsfmsady/clustertree/setup.py", line 6, in <module>
    from Cython.Build import cythonize
ImportError: No module named 'Cython'

关于如何解决此问题的任何提示？我设置了以下选项：

【问题讨论】：

你的需求文件中有 cython 吗？
您可能还想在 readthedocs 上尝试基于 conda 的构建，特别是如果您的包有需要编译的依赖项
听起来好像有些东西没有安装在您本地环境中安装的 RTD 上。尝试将您的 repo 克隆到一个干净的结帐中，然后重复 RTD 调用以构建文档的命令。您的 requirements.txt 文件中可能还有一些您希望在 RTD 中出现但实际上没有的内容。
@ngoldbaum 是的，感谢您的提示 :)
@StevePiercy 好主意，我会在基于 conda 的构建之后尝试：)

标签： cython python-sphinx read-the-docs

【解决方案1】：

基于 conda 的构建对我有用。

您可以将 readthedocs.yml 放在 repo 的根文件夹中（而不是您的 docs 文件夹）：

requirements_file:
  docs/requirements.txt

conda:
    file: environment.yml

我的 conda environment.yml：

channels:
- conda-forge
- bioconda
- r
- jkroes
dependencies:
- cython
- python=3.6
- numpy
- pandas
- sphinx-autorun=1.1.0=py36h5809654_0

你甚至可以在 conda yaml 中有一个 pip 部分：

channels:
- conda-forge
- bioconda
- r
- jkroes
dependencies:
- cython
- python=3.6
- numpy
- pandas
- pip:
    - clustertree
    - pyranges
    - sphinx_autorun_ebs
    - pyrle
    - sorted_nearest

【讨论】：