【问题标题】:Add repeated elements of array indexed by another array添加由另一个数组索引的数组的重复元素
【发布时间】:2022-01-11 21:05:27
【问题描述】:

我有一个相对简单的问题,如果不使用循环就无法解决。我很难找出这个问题的正确标题。 假设我们有两个 numpy 数组:

array_1 = np.array([[0, 1, 2],
                    [3, 3, 3],
                    [3, 3, 4],
                    [3, 6, 2]])

array_2 = np.array([[0, 0, 0], 
                    [1, 1, 1],
                    [2, 2, 2],
                    [3, 3, 3],
                    [4, 4, 4],
                    [5, 5, 5],
                    [6, 6, 6]])

array_1 表示array_2 中我们想要sum 的行的索引。因此,例如,result 数组中的4th 行应包含array_2 中与array_1 中所有3s 具有相同行索引的所有行的总和。

在代码中更容易理解:

result = np.empty(array_2.shape)

for i in range(array_1.shape[0]):
    for j in range(array_1.shape[1]):
        index = array_1[i, j]
        result[index] = result[index] + array_2[i]

结果应该是:

[[ 0  0  0]
 [ 0  0  0]
 [ 3  3  3]
 [10 10 10]
 [ 2  2  2]
 [ 0  0  0]
 [ 3  3  3]]

我尝试使用np.einsum,但我需要使用数组中的两个元素作为索引,并将其行作为索引,所以我不确定np.einsum 是否是这里的最佳路径。

这是我在图形中遇到的问题。 array_1 表示三角形的顶点索引,array_2 表示法线,其中行的索引对应于顶点的索引

【问题讨论】:

  • 问题很清楚,但我很好奇:你为什么要在没有循环的情况下解决这个问题?
  • 这是我在图形中遇到的问题,所以array_1 和array_2 可能很大,而且速度会非常慢。但是这个问题最让我烦恼的是只有两个简单的 for 循环,我不能将它们移植到 numpy。这让我的大脑连续第三天沸腾了
  • “我无法将它们移植到 numpy。”。你为什么要这样做?你想加速算法吗?您最终要达到什么目标?
  • 是的。我想加快速度
  • 让循环版本正常工作并显示结果。然后我们可以谈论用 numpy 的全部力量做同样的事情。

标签: python numpy numpy-ndarray numpy-indexing


【解决方案1】:

任何时候你从一个重复的索引中添加一些东西,像np.add这样的普通ufunc不能开箱即用,因为它们只处理一个重复的花式索引一次。相反,您必须使用无缓冲版本,即np.add.at。

这里有一对索引:array_1 中的行是array_2 的行索引,array_1 的元素是输出的行索引。

首先,将索引显式构造为fancy indices。这将使它们的使用变得更加简单:

output_row = array_1.ravel()
input_row = np.repeat(np.arange(array_1.shape[0]), array_1.shape[1]).ravel()

input_row可以直接申请array_2,但需要add.at才能使用output_row:

output = np.zeros_like(array_2)
np.add.at(output, output_row, array_2[input_row])

你真的只使用了array_2的前四行,所以它可以被截断为

array_2 = array2[:array_1.shape[0]]

在这种情况下,您可能希望将输出初始化为:

output = np.zeros_like(array_2, shape=(output_row.max() + 1, array2.shape[1]))

【讨论】:

  • 这不正确。结果的形状是(4, 3),这不是OP想要的。
  • @sarema。见更新。我现在的答案和 OP 一样。
  • 哇。我将不得不重新阅读这个答案几次才能完全理解它。谢谢你!。无论如何,我不知道给这个问题取什么标题。任何帮助将不胜感激!
  • 我明白了。令人印象深刻!
  • @NemanjaStojanovic。我发现花哨的索引比np.ufunc.at 更违反直觉。它所做的只是让你正确地做output[output_row] += array_2[input_row]。我会推荐两件事:首先忘记数组是 2D 并使用 1D 示例,然后阅读有关精美索引的文档:numpy.org/doc/stable/user/…
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