bash 重命名目录中的特定文件类型答案

【问题标题】：bash to rename specific file type in directorybash 重命名目录中的特定文件类型
【发布时间】：2016-11-24 14:49:52
【问题描述】：

我正在尝试使用bash 重命名特定的file type，即.bam.bai，并且无法删除文件名中第二个下划线_ 之后的文本。目前我只得到一个在第一个_ 之后重命名的文件，我认为其他两个文件被删除，因为它们是重复的。谢谢你，祝你假期愉快:)。

/home/cmccabe/example/folder 中的文件

IonXpress_007_MEVxz_R_2016_11_18_10_45_10_user_S5-00580-14-Medexome.bam.bai
IonXpress_008_MEVxx_R_2016_11_18_10_45_10_user_S5-00580-14-Medexome.bam.bai
IonXpress_009_MEVxy_R_2016_11_18_10_45_10_user_S5-00580-14-Medexome.bam.bai

期望的输出

IonXpress_007.bam.bai
IonXpress_008.bam.bai
IonXpress_009.bam.bai

重击

for file in /home/cmccabe/example/folder/*.bam.bai; do
mv -- "$file" "${file%%_[0-9][0-9][0-9]_*}.bam.bai
done

电流输出

IonXpress

【问题讨论】：

除了mv 命令中缺少双引号字符之外，您是否尝试过常识选项，例如在循环中包含echo mv -- "$file" "${file%%_[0-9][0-9][0-9]_*}.bam.bai" 之类的调试行？
您的代码从新名称中删除了 _009_ 子字符串。 ${file%%_[0-9][0-9][0-9]_*} 扩展为 IonXpress。

标签： bash

【解决方案1】：

如果您有 rename 实用程序，那么您可以使用：

rename -n 's/^([^_]+_[^_]+)_.+$/$1.bam.bai/' *.bam.bai

'IonXpress_007_MEVxz_R_2016_11_18_10_45_10_user_S5-00580-14-Medexome.bam.bai' would be renamed to 'IonXpress_007.bam.bai'
'IonXpress_008_MEVxx_R_2016_11_18_10_45_10_user_S5-00580-14-Medexome.bam.bai' would be renamed to 'IonXpress_008.bam.bai'
'IonXpress_009_MEVxy_R_2016_11_18_10_45_10_user_S5-00580-14-Medexome.bam.bai' would be renamed to 'IonXpress_009.bam.bai'

如果您没有rename，那么您可以使用循环遍历这些文件并使用cut：

for f in *.bam.bai; do echo mv "$f" "$(cut -d_ -f1-2 <<< "$f").bam.bai"; done

mv IonXpress_007_MEVxz_R_2016_11_18_10_45_10_user_S5-00580-14-Medexome.bam.bai IonXpress_007.bam.bai
mv IonXpress_008_MEVxx_R_2016_11_18_10_45_10_user_S5-00580-14-Medexome.bam.bai IonXpress_008.bam.bai
mv IonXpress_009_MEVxy_R_2016_11_18_10_45_10_user_S5-00580-14-Medexome.bam.bai IonXpress_009.bam.bai

如果您对输出感到满意，请在 mv 之前删除 echo。

【讨论】：

使用rename 实用程序有效，但它只重命名stdout 中的文件，而不是目录中的文件。谢谢你:)。
这是因为我使用rename -n 进行试运行。只需使用rename 's/^([^_]+_[^_]+)_.+$/$1.bam.bai/' *.bam.bai 重命名它们。
谢谢，不熟悉rename，但感谢您介绍我和帮助:)。

【解决方案2】：

${file%%_[0-9][0-9][0-9]_*} 删除任何字符，直到最左边的下划线字符，包括三位数字及其周围的下划线。因此，它扩展到IonXpress。

相反，我的代码从右到左删除任何字符，直到第二个下划线后跟 MEV 子字符串：

for file in /home/cmccabe/example/folder/*.bam.bai
do
      mv -- "$file" "${file%%_MEV*}".bam.bai
done

另一种选择是从文件名中选择最左边的 13 个字符：

  mv -- "$file" "${file::13}".bam.bai

【讨论】：

【解决方案3】：

一个可靠的方法是：

#!/bin/bash
mydir=/home/cmccabe/example/folder
regex="^([^_]+_[^_]+)"                 # Match a sequence of several not "_"
                                       # followed by a "_" and by
                                       # a second sequence of not "_".

cd "$mydir"                            # work only on files inside mydir.
shopt -s nullglob                      # Make the pattern null if no file.

for file in ./[^.].bam.bai; do         # To avoid matching a renamed file.
    [[ $file =~ $regex ]];             # test if the file match the regex.
    f="./${BASH_REMATCH[1]}.bam.bai"
    echo \
    mv "./$file" "$f"                  # execute the rename.
done

【讨论】：