如何遍历文件夹并对这些文件夹中的文件应用功能答案

【问题标题】：How to loop through folders and apply function on files in these folders如何遍历文件夹并对这些文件夹中的文件应用功能
【发布时间】：2020-11-03 06:43:16
【问题描述】：

我有多个名称相似但不同的文件夹，每个文件夹包含名称相似但不同的 csv 文件。

例如，我有三个名为“output”的文件夹，每个文件夹包含“image.csv”和“cells.csv”。

如何遍历每个“输出”文件夹，然后读取文件夹中的每个 csv 文件并将函数应用于这些文件？这是我尝试过的：

首先，我列出了名为“输出”的文件夹：

dirs<-list.dirs()
dirs<-dirs[grepl("output",dirs)]

然后我想设置一个函数来加入两个 csv 文件，如下所示（代码不完整，请帮助更正）：

object_extraction<-function(x){ image<-read.csv(image.csv, header=T, sep=",") 
                                cells<-read.csv(cells.csv, header=T, sep=",")
                                object<-dplyr::inner_join(cells,image,by="ImageNumber")
                                return(object)}

最后我想通过“输出”文件夹循环上面的函数

object<-list() 
for(i in 1:length(dirs)){
object[[i]]<-object_extraction(dirs[i])

谢谢

【问题讨论】：

您收到的错误信息是什么？
文件错误(file,"rt"): 无法打开连接

标签： r function loops

【解决方案1】：

在函数中动态读取 csv 的路径

object_extraction<-function(x){ 
  image<-read.csv(paste0(x, '/image.csv'), header=T, sep=",") 
  #header = T and sep = ',' is default in read.csv so this should 
  #work without specifying them as well.
  cells<-read.csv(paste0(x, '/cells.csv'))
  object<-dplyr::inner_join(cells,image,by="ImageNumber")
  return(object)
}

然后将函数应用到每个文件夹。

dirs <- list.dirs(recursive=FALSE)
dirs <- grep('output', dirs, value = TRUE)
result <- lapply(dirs, object_extraction)

【讨论】：

【解决方案2】：

我可以在您的代码中发现两个错误：

您需要使用dirs变量的目录名，例如：

object_extraction<-function(x){ 
  image<-read.csv(file.path(x, "image.csv"), header=T, sep=",") 
  cells<-read.csv(file.path(x, "cells.csv"), header=T, sep=",")
  object<-dplyr::inner_join(cells,image,by="ImageNumber")
  return(object)
}

并且文件名应该是字符串，"image.csv"和"cells.csv"

HTH

【讨论】：