【问题标题】:Error in %conda list biopython in jupyter notebook (macOS)jupyter notebook (macOS) 中的 %conda list biopython 错误
【发布时间】:2020-03-30 10:03:07
【问题描述】:

我使用 jupyter notebook,我在系统上安装了 anaconda。导入 Bio 时出现此错误

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ModuleNotFoundError                       Traceback (most recent call last)
<ipython-input-7-de5ff3e63c39> in <module>
----> 1 from Bio import Phylo
      2 import wget
      3 import re
      4 from Bio import SeqIO
      5 from Bio.SeqRecord import SeqRecord

ModuleNotFoundError: No module named 'Bio'

当我查看这条路径/Users/morteza/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/ 中的包时,bio 和 biopython 都在那里

有人可以帮我解决这个问题吗? 谢谢

【问题讨论】:

  • 你能编辑你的问题并添加%conda list biopython的输出吗?
  • 你的意思是标题?
  • 你是如何安装 biopython 的?你创造了一个新的环境吗?
  • 不,我没有创建新环境,我使用了conda install biopython

标签: jupyter-notebook anaconda conda importerror biopython


【解决方案1】:

我找到了一个解决方案,所以我在这里分享可能对某人有用。我使用mv bio Bio 命令在路径/Users/morteza/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/ 中将名称bio 更改为Bio,然后导入工作正常。

【讨论】:

  • 你的操作系统是什么?你是如何用 conda 安装 biopython 的?
  • masOS Catalina,我用conda install biopython(在终端中)
  • 谢谢,conda list | grep -i bio 显示了什么?我试图了解出了什么问题
  • 谢谢,当然可以!你能只显示带有biopython 和任何其他bio 模块的行吗?
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