R中的目录和文件循环

Question

我对脚本的循环有疑问。我有不同的目录，每个目录都有不同的文件。我的脚本同时分析两个文件。例如，我有 file1、file2、file 3 和 file 4。我的脚本在 file1-file2 中进行分析，然后我必须执行 file1-file3、file1-file4 和 file2-file3 等等。所以我必须不重复地分析每个文件和所有其他文件。我正在做类似的事情

dirs <- list.dirs()

for (d in dirs) {

files <- list.files()

a <- read.table("file1") ##what I have to write here? 
b <- read.table("file2")  ## and here?
dm <- dist(a, b , method = "euclidean")
write.table(dm, "file1-file2.csv")
}

我的问题是关于在列出它们之后调用 file1 和 file2（以及其他）。格式名称文件类似于“1abc_A.txt” 谢谢你:)

Answer 1

尝试以下方法：

• 使用lapply 循环遍历每个目录。
• 对于每个目录，使用 list.files 获取所有文本文件名。
• 创建 2 个文本文件的每个组合，并将 dist 函数应用于每 2 个文件。
• 写入输出。如果目录名为A，文件名为f1 和f2。它应该在工作目录中写入一个名为A_f1_f2.csv 的文件。

dirs <- list.dirs()

lapply(dirs, function(y) {
  files <- list.files(y, pattern = '\\.txt') 
  if(length(files) < 2) return(NULL)

  combn(files, 2, function(x) {
    a <- read.table(x[1]) 
    b <- read.table(x[2])
    dm <- dist(a, b , method = "euclidean")
    write.table(dm, sprintf('%s_%s.csv', basename(y), paste0(x, collapse = '_')))
  }, simplify = FALSE)
})