R 包：在 pkg/R 和 pkg/src 文件夹中使用自定义文件/目录结构答案

【问题标题】：R package: use a custom file/directories structure in pkg/R and pkg/src foldersR 包：在 pkg/R 和 pkg/src 文件夹中使用自定义文件/目录结构
【发布时间】：2012-12-20 19:47:11
【问题描述】：

我正在编写一个 R 包，它的大小开始增长，因此非常感谢在文件夹 pkg/R/ 和（尤其是）pkg/src/ 中使用自定义结构。

例如，假设我有两个 A 类型的算法家族，以及 B 类型的一些函数，以及一个主入口点。理想情况下，R/ 或 src/ 文件夹的组织方式如下：

A型/
- 算法1/
  - algo11.ext
  - ...
- 算法2/
  - algo21.ext
  - ...
B型/
- function1.ext
- ...
main.ext

在 {R,cpp,c,f,...} 中带有“ext”，并且可能有两个具有相同名称的文件。

有可能吗？如果是，我该怎么做？

提前致谢！

[2012-12-31] 编辑：一个想法是编写一些脚本 - 可能在另一个 R 包中 - 以（取消）扁平化用于测试或扩散的结构化包。不过可能有更好的解决方案，所以我会稍等。

【问题讨论】：

你可能会？能够在src/ 中使用自定义 Makefile。你浏览过 R 扩展手册了吗？我认为重组R/ 会更难。
我尝试在 src/ 中使用自定义 Makefile，但尽管它在命令行中运行良好，但在使用 R CMD INSTALL 时失败（“没有规则来构建目标 'myfolder/myfile.c' 需要对于 myfile.o")。我只找到了这一段关于子目录组织cran.r-project.org/doc/manuals/…，并没有看到任何有用的内容。谷歌搜索了一段时间后也没有，所以我在这里尝试了。

标签： r package directory

【解决方案1】：

作为“编写 R 扩展”手册 indicates here，pkg/src 下的 Makevars 文件允许为 C/C++/Fortran 代码嵌套子文件夹。（参见例如RSiena 包）。

但是，我没有在 pkg/R 中找到任何有关自定义结构的信息。所以我写了一个小包（可用，虽然需要改进），它完成以下任务：

加载/卸载在 pkg/R 下具有（可能）嵌套文件夹的包
在其上启动 R 和/或 C 单元测试 [基本框架，将被替换（例如 RUnit 和检查）]
将包导出为与 CRAN 兼容（展平 R 代码，生成 Makevars 文件）

如果它达到可发布状态，我将在此处链接它。（目前我可以通过电子邮件发送）。

【讨论】：

你的包有进展吗？

【解决方案2】：

官方包文档https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-devel/R-exts.html，第 1.1.5 节包含以下引用：

R 和 man 子目录可能包含名为 unix 或 windows 的特定于操作系统的子目录。

我尝试在 R-3.5.1 中创建一个带有子目录的简单测试包，但它不能正常工作。

devtools::load_all() 和 R CMD build 也没有成功从 R 中的子目录导出代码。

【讨论】：