使用python定义路径

Question

我正在使用 GTDBtk 程序，这是一个使用其他程序的工具包。当我使用终端运行 GTDBtk 时，它给了我一个错误：

[2020-03-15 18:58:22] INFO: Using GTDB-Tk reference data version r89: /Users/Desktop/GTDB/gtdbtk/release89
hmmsearch is not on the system path.

我通过编写这段代码解决了这个问题

PATH="/Users/monkiky/Desktop/Data/hmmer-3.3/src/hmmsearch:$PATH"

现在，由于我需要多次运行这个程序，我正在用 Python 编写一个脚本。编写此代码我发现了同样的错误，我不知道如何解决它。

[2020-03-21 11:26:37] INFO: Using GTDB-Tk reference data version r89: /Users/monkiky/Desktop/GTDB/gtdbtk/release89
hmmsearch is not on the system path.

如何使用 python 定义路径？或者我做错了什么。

我试过这个，但运气不好：

os.system('PATH="/Users/monkiky/Desktop/Data/hmmer-3.3/src/hmmsearch:$PATH"')

这里是我完成的代码：

#Define directory
os.chdir('/Users/monkiky/Desktop/prueba/GTDBTk-1.0.1')

# We define the environment variable
os.environ['GTDBTK_DATA_PATH'] = "/Users/monkiky/Desktop/GTDB/gtdbtk/release89" 

# Add the path of prodigal (here the problem bust be)
sys.path.append("/Users/monkiky/Desktop/GTDB/GTDBTk-1.0.1/hmmsearch")


#Run the program
os.system('gtdbtk identify --genome_dir /Users/monkiky/Desktop/GTDB/input --out_dir /Users/monkiky/Desktop/GTDB/prueba')

输出

2020-03-21 14:29:09] INFO: GTDB-Tk v1.0.2
[2020-03-21 14:29:09] INFO: gtdbtk identify --genome_dir /Users/monkiky/Desktop/GTDB/input --out_dir /Users/monkiky/Desktop/GTDB/prueba
[2020-03-21 14:29:09] INFO: Using GTDB-Tk reference data version r89: /Users/monkiky/Desktop/GTDB/gtdbtk/release89
hmmsearch is not on the system path.
[2020-03-21 14:29:09] ERROR: Controlled exit resulting from early termination.
<built-in function chdir>

Answer 1

如果您只想将路径附加到 PATH，请使用

import os
path = '/Users/monkiky/Desktop/Data/hmmer-3.3/src/hmmsearch'
os.environ["PATH"] += os.pathsep + path

见here。

或者，您可以：

手动添加/Users/monkiky/Desktop/Data/hmmer-3.3/src/hmmsearch到你的系统环境（我们称之为HMM_SEARCH_PATH）然后调用：

import os

path = os.getenv('HMM_SEARCH_PATH')

# Use path wherever you need, e.g.
print(path) 

或者，

在您的项目文件夹中创建一个.env 文件并插入 HMM_SEARCH_PATH = /Users/monkiky/Desktop/Data/hmmer-3.3/src/hmmsearch，然后在你的python脚本中：

import os
from dotenv import load_dotenv

load_dotenv()
path = os.getenv('HMM_SEARCH_PATH')

# Use path wherever you need, e.g.
print(path) 

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