【问题标题】:Installing zlib locally本地安装 zlib
【发布时间】:2013-03-31 12:20:05
【问题描述】:

我必须安装zlib 才能在我的学院服务器上运行软件。我知道我可以使用 .

在本地安装zlib
/configure --prefix=/home/local/zlib 

我最终使用make install 命令安装了它。现在我需要将它放在路径中以运行需要zlib 的其他软件。如何设置路径?

我尝试使用命令export PATH="$PATH:/home/local/zlib" 使用导出路径,但我相信我没有root 访问权限,因此无法设置。有人能告诉我任何解决方案吗?

【问题讨论】:

  • 对不起,这不是服务器故障的主题。作为一个编程问题,您可能打算在我们的姊妹网站 Stack Overflow 上发帖 - 尽管那里已经被问过很多次,所以简短的搜索应该可以找到您的答案。
  • 你有没有解决这个问题?我遇到了同样的问题。我在本地安装了 zlib 并设置了 $PATH、$PKG_CONFIG_PATH 和 $LD_LIBRARY_PATH 以包含 $HOME/local/zlib 但仍然收到`警告:zlib.h:没有这样的文件或目录`错误。

标签: linux path


【解决方案1】:

尝试将LD_LIBRARY_PATH 设置为/home/local/zlib/lib 而不是PATH。您应该能够运行导出命令,因为它只会影响您自己的会话。

【讨论】:

  • 谢谢.. 我试过 LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/local/zlib/lib;导出 LD_LIBRARY_PATH ,但没有用。
  • 检查 unsigned long long int... 是检查 -lz 中的 gzread... 否 configure: error: zlib not found, see zlib.net configure: error: ./configure failed for src /libGkArrays
  • 尝试将PKG_CONFIG_PATH 设置为:/home/local/zlib/lib/pkgconfig
【解决方案2】:

您可以使用以下说明将 zlib 的符号链接添加到您的 PATH:

以下是一些关于将目录添加到 PATH 的信息:

PATH 变量可以通过键入来访问

$PATH

或者,要逐行查看路径中的目录,请使用

sed 's/:/\n/g' <<< "$PATH"

这些是 shell 将在其中查找您指定的可执行文件的所有目录。我喜欢为我手动安装的程序可执行文件放置符号链接 /home/myusername/.local/bin

理论上,您可以将任何具有程序可执行文件的目录添加到您的 PATH 中,但如果您像这样保留一个所需的目录,然后使用符号链接添加可执行文件,它会更容易/更干净,并且不太可能导致问题。

要将所需目录添加到您的 PATH,您必须编辑 ~/.bashrc 文件,并添加以下行: 导出 PATH="$PATH:/path/to/desired/directory" 指定要添加到 PATH 末尾的任何目录。然后在 shell 中,使用 source 命令加载当前 shell 的新路径(启动新的 shell 会话也可以):

source ~/.bashrc

然后,要将可执行文件添加到此目录,您将需要使用符号链接或符号链接:

ln -s /path/to/executable /desired/path

以下是程序 BWA 的示例,其中可执行的 bwa 位于名为 soft/bwa/ 的文件夹中:

ln -s /home/myusername/soft/bwa/bwa /home/myusername/.local/bin/bwa

【讨论】:

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