无法使用 R 中的此处包将工作目录设置到另一个位置

Question

我有一系列设计为在其他计算机上运行的 R 代码。也就是说，所有代码都相对于一个根目录，其中包含一个 Rstudio 项目文件 .Rproj。没有绝对的文件路径。当我实际打开 Rstudio、加载 .Rproj 文件然后运行代码时，这工作正常。

但是我的一些代码需要几个小时才能运行，而且我需要设置多个脚本一个接一个地运行。这意味着创建一个 .sh 文件，然后从命令行依次运行 R 脚本。但是，我的程序都没有从命令行成功运行，因为根目录不再设置为 .Rproj 文件的根目录。我已经阅读过可以使用 here 包的信息，它会自动将根目录设置为 .here 文件所在的位置。对我来说不是这样。

它自动使用的工作目录是我正在使用的计算集群上的主目录。我的所有文件（包括 .Rproj 和 .here 文件）所在的区域位于不同的目录中，在该目录中分配了更多空间。两者都可以从一个共同的父目录访问，所以我假设 here() 函数能够找到我想要实际用于运行我的工作的目录。但事实并非如此。

实际上，我想将根目录设置为不是我正在使用的系统上的默认根目录的位置。我在那里放了一个 .here 文件，但它不在 here() 函数中，我认为这是它的主要目标。关于如何进行的任何想法？

编辑：我正在使用 UNIX 系统。 R 版本 3.4.2。

Answer 1

我的问题类似，但与您的问题不完全相同。也许我的解决方案对你有用。当我打开一个 RStudio 项目时，我发现如果我调用“library(here)”，根目录设置在 .Rproj 文件所在的位置，并且“set_here”不会更改该目录，尽管有“here”包文档.也许我做错了什么，但我决定用一个简单的 R 函数来解决这个问题，该函数向上移动目录树，直到找到一个“.here”文件。然后它加载“here”包并将根目录设置在我想要的位置。

我在 R 外部的终端中使用“touch .here”来设置我的根目录，然后从我新打开的 R 项目中调用“init_here()”：

init_here <- function() {
  `%!in%` = Negate(`%in%`)
  files <- dir( all.files = T )
  while ( ".here" %!in% files & getwd()!="/" ) {
    setwd("..")
    files <- dir( all.files = T )
  }
  library(here)
}

用例 - 在 Unix 中：

cd( '~/myRoot' )
touch( '.here' )

在 RStudio 中，当我打开一个项目时，调用如下所示：

R version 4.0.2 (2020-06-22) -- "Taking Off Again"
< R information removed for clarity >

[Workspace loaded from ~/myRoot/myProject/.RData]

> getwd()
[1] "/Users/me/myRoot/myProject"
> init_here()
here() starts at /Users/me/myRoot
> here()
[1] "/Users/me/myRoot"
> 

我现在可以在我的每个 RStudio 项目的根目录下放置一个“.here”文件，并为每个项目独立设置预期的根目录。如果你想变得花哨，你可以把这个函数放在每个项目的 .Rprofile 中，这样当项目打开时它就会运行。我所有的项目在我的“R”目录上方的目录中都有 .Rproj 文件，所以我的 .Rprofile 看起来像：

source("./R/init_here.R")
init_here()

希望对您有所帮助。

Answer 2

您是否尝试在 shell 脚本中简单地添加 cd /the/path/where/you/put/the/files 命令？

根据this documentation，here()“根据加载包时的当前工作目录，使用合理的启发式方法来查找项目的文件”。 shell 脚本中的“cd”（change directory）命令更改当前工作目录。