处理 unix 循环中的路径

Question

相对 unix 新手。我有许多目录 (Sample*/)，我想在其中使用 samtools 合并所有 raw.sort.bam 文件。我在每个目录中都有工作代码来执行此操作，但我想通过从父目录运行代码来一次处理所有目录。我的问题是我不得不使用完整路径调用 samtools，而且我无法弄清楚该路径在 unix 循环中如何工作。

首先，这是我在每个目录中合并和转换的工作代码：

/home/user/pathtosamtools/sam merge -o all.sort.bam *raw.sort.bam

现在，我的非工作代码在从父目录运行时尝试对所有目录执行此操作：

for f in `ls Sample*/`; do /home/user/pathtosamtools/sam merge -o $f all.sort.bam Sample*/*raw.sort.bam; done

错误：

[bam_merge_core_ext] fail to open file all.sort.bam
[bam_header_read] bgzf_check_EOF: Invalid argument
[bam_header_read] invalid BAM binary header (this is not a BAM file).
Segmentation fault

提前致谢。

Answer 1

Don't parse ls

for dir in Sample*/; do 
    /home/user/pathtosamtools/sam merge -o "$dir/all.sort.bam" "$dir"/*raw.sort.bam
done

您在 for 循环中提供 glob 模式。

为了安全起见，always quote your variables。