构建“R Packages”一书时Windows系统调用失败

Question

我正在尝试从 source 构建 Hadley 的书“R Packages”。我已经下载并解压缩了源代码，并将Getting started 中的代码（经过一些修改）和r-pkgs-first-edition-freeze\book\build-book.r 中的代码组合在一起来构建这本书（原始代码在这篇文章中）。 Getting started 的第一部分代码按预期工作：

# install.packages(c("devtools", "roxygen2", "testthat", "knitr"))      # orginal code
library(devtools); library(roxygen2); library(testthat); library(knitr) # what I'm using
# install.packages("rstudioapi")                                        # orginal code
library(rstudioapi)                                                     # what I'm using
rstudioapi::isAvailable("0.99.149")
  [1] TRUE                                                              # expected result

在下一部分中，has_devel() 没有给出Getting started 中描述的详细输出，但它也没有抛出错误，并且.Last.value == TRUE 符合预期，所以我认为我还可以：

devtools::install_github("r-lib/devtools")
has_devel()
.Last.value
  [1] TRUE

Getting started 的代码的最后一部分也有效。与Getting started 中列出的相比，我的许多包都是新版本，但我认为这不是我后续问题的根源。

library(roxygen2)
library(testthat)
devtools::session_info()
  ─ Session info ───────────────────────────────────────────────────────────
  setting  value                       
  version  R version 3.5.1 (2018-07-02)
  os       Windows 7 x64 SP 1          
  system   x86_64, mingw32             
  ui       RStudio                     
  language (EN)                        
  collate  English_United States.1252  
  tz       America/Chicago             
  date     2019-04-10                  

  ─ Packages ───────────────────────────────────────────────────────────────
  package       * version    date       source                             
  assertthat      0.2.0      2017-04-11 CRAN (R 3.5.1)                     
  backports       1.1.2      2017-12-13 CRAN (R 3.5.0)                     
  callr           2.0.4      2018-05-15 CRAN (R 3.5.1)                     
  cli             1.0.0      2017-11-05 CRAN (R 3.5.1)                     
  clisymbols      1.2.0      2017-05-21 CRAN (R 3.5.1)                     
  commonmark      1.5        2018-04-28 CRAN (R 3.5.1)                     
  crayon          1.3.4      2017-09-16 CRAN (R 3.5.1)                     
  desc            1.2.0      2018-05-01 CRAN (R 3.5.1)                     
  devtools      * 2.0.2.9000 2019-04-11 Github (r-lib/devtools@ab6c878)    
  digest          0.6.15     2018-01-28 CRAN (R 3.5.1)                     
  evaluate        0.11       2018-07-17 CRAN (R 3.5.1)                     
  fs              1.2.5      2018-07-30 CRAN (R 3.5.1)                     
  glue            1.3.0      2018-07-17 CRAN (R 3.5.1)                     
  htmltools       0.3.6      2017-04-28 CRAN (R 3.5.1)                     
  knitr         * 1.20       2018-02-20 CRAN (R 3.5.1)                     
  magrittr        1.5        2014-11-22 CRAN (R 3.5.1)                     
  memoise         1.1.0      2017-04-21 CRAN (R 3.5.1)                     
  oldbookdown   * 0.1        2019-04-11 Github (hadley/oldbookdown@0ffc6fb)
  pkgbuild        1.0.3      2019-04-11 Github (r-lib/pkgbuild@79cb7a0)    
  pkgload         1.0.1.9000 2019-04-11 Github (r-lib/pkgload@0ef4f58)     
  prettyunits     1.0.2      2015-07-13 CRAN (R 3.5.1)                     
  processx        3.1.0      2018-05-15 CRAN (R 3.5.1)                     
  R6              2.2.2      2017-06-17 CRAN (R 3.5.0)                     
  Rcpp            0.12.18    2018-07-23 CRAN (R 3.5.1)                     
  remotes         2.0.3      2019-04-09 url                                
  RevoUtils     * 11.0.1     2018-08-01 local                              
  RevoUtilsMath * 11.0.0     2018-08-01 local                              
  rlang           0.2.1      2018-05-30 CRAN (R 3.5.1)                     
  rmarkdown     * 1.10       2018-06-11 CRAN (R 3.5.1)                     
  roxygen2      * 6.1.0      2018-07-27 CRAN (R 3.5.1)                     
  rprojroot       1.3-2      2018-01-03 CRAN (R 3.5.1)                     
  rstudioapi    * 0.7        2017-09-07 CRAN (R 3.5.1)                     
  sessioninfo     1.0.0      2017-06-21 CRAN (R 3.5.1)                     
  stringi         1.2.4      2018-07-20 CRAN (R 3.5.1)                     
  stringr         1.3.1      2018-05-10 CRAN (R 3.5.1)                     
  testthat      * 2.0.0      2017-12-13 CRAN (R 3.5.1)                     
  usethis       * 1.4.0      2018-08-14 url                                
  withr           2.1.2      2018-03-15 CRAN (R 3.5.1)                     
  xml2            1.2.0      2018-01-24 CRAN (R 3.5.1)                     
  yaml            2.2.0      2018-07-25 CRAN (R 3.5.1)

build-book.r 中代码的第一部分适用于我：

install_github("hadley/oldbookdown@0ffc6fb")  # code I needed to add
library(oldbookdown)
library(rmarkdown)
# Render chapters into tex  ------------------------------------------------
needs_update <- function(src, dest) {
  if (!file.exists(dest)) return(TRUE)
  mtime <- file.info(src, dest)$mtime
  mtime[2] < mtime[1]
}
render_chapter <- function(src) {
  dest <- file.path("book/tex/", gsub("\\.rmd", "\\.tex", src))
  if (!needs_update(src, dest)) return()
  message("Rendering ", src)
  command <- bquote(rmarkdown::render(.(src), oldbookdown::tex_chapter(),
    output_dir = "book/tex", quiet = TRUE, env = globalenv()))
  writeLines(deparse(command), "run.r")
  on.exit(unlink("run.r"))
  source_clean("run.r")
}
source_clean <- function(path) {
  r_path <- file.path(R.home("bin"), "R")
  cmd <- paste0(shQuote(r_path), " --quiet --file=", shQuote(path))
  out <- system(cmd, intern = TRUE)
  status <- attr(out, "status")
  if (is.null(status)) status <- 0
  if (!identical(as.character(status), "0")) {
    stop("Command failed (", status, ")", call. = FALSE)
  }
}
chapters <- dir(".", pattern = "\\.rmd$")

但是当我尝试实际渲染章节时代码失败了：

lapply(chapters, render_chapter)
  Rendering check.rmd
  Error: Command failed (1)
  In addition: Warning message:
    In system(cmd, intern = TRUE) :
    running command '"C:/PROGRA~1/MIE74D~1/ROPEN~1/R-35~1.1/bin/x64/R" --quiet --file="run.r"' had status 1
  Called from: source_clean("run.r")
  Browse[1]

系统调用失败，但由于我不知道 Windows 调用 "C:/PROGRA~1/MIE74D~1/ROPEN~1/R-35~1.1/bin/x64/R" --quiet --file="run.r" 应该做什么，所以我不知道如何解决这个问题。我尝试将r_path <- file.path(R.home("bin"), "R") 更改为r_path <- file.path(R.home("bin"))（因为C:/PROGRA~1/MIE74D~1/ROPEN~1/R-35~1.1/bin/x64 中没有“R”目录），但我仍然收到以下错误：

lapply(chapters, render_chapter)
  Rendering check.rmd
  Error in system(cmd, intern = TRUE) : 
    '"C:/PROGRA~1/MIE74D~1/ROPEN~1/R-35~1.1/bin/x64"' not found

我也尝试将file.path(R.home("bin"), "R")更改为file.path(R.home("bin"), "R")，因为这个目录中有一个“R.exe”可执行文件，也没有运气。任何指导将不胜感激。

补充信息，回应@onlyphantom：看来R.home("bin") 找到的损坏路径也影响了其他系统变量，包括R_DOC_DIR 和R_HOME。但PATH 指向正确的位置，C:\Program Files\Microsoft\R Open\R-3.5.1\bin\x64。

file.path(R.home("bin"))
  [1] "C:/PROGRA~1/MIE74D~1/ROPEN~1/R-35~1.1/bin/x64"
Sys.getenv()    # returned values below are redacted
  APPDATA                              C:\Users\JT\AppData\Roaming
  HOME                                 C:/Users/JT/R/Projects
  HOMEDRIVE                            C:
    HOMEPATH                             \Users\JT\R
  LOCALAPPDATA                         C:\Users\JT\AppData\Local
  PATH                                 C:\Program Files\Microsoft\R Open\R-3.5.1\bin\x64;...
  ProgramData                          C:\ProgramData
  ProgramFiles                         C:\Program Files
  ProgramFiles(x86)                    C:\Program Files (x86)
  R_DOC_DIR                            C:/PROGRA~1/MIE74D~1/ROPEN~1/R-35~1.1/doc
  R_HOME                               C:/PROGRA~1/MIE74D~1/ROPEN~1/R-35~1.1
  R_LIBS_USER                          C:/Program Files/Microsoft/R Open/R-3.5.1/library
  R_USER                               C:/Users/JT/R

我尝试卸载然后重新安装 R Open，但仍然得到这个：

file.path(R.home("bin"), "R")
  [1] "C:/PROGRA~1/MIE74D~1/ROPEN~1/R-35~1.1/bin/x64/R"

我尝试切换到常规 R（而不是 R Open）并继续遇到同样的问题。

Windows 命令行问题：我逐步浏览了 R 代码以找到问题的确切位置。它发生在render_chapter() 调用source_clean("run.r")，最终调用out <- system(cmd, intern = TRUE)。 cmd（对于chapters 中的第一个对象）是"C:\Program Files\R\R-3.5.3\bin\x64\R" --quiet --file="run.r"。当我打开 Windows 命令提示符并运行此代码时，我得到以下信息：

C:\>cd C:\Users\JT\R\Books\r-pkgs-first-edition-freeze

C:\Users...freeze>"C:\Program Files\R\R-3.5.3\bin\x64\R" --quiet --file="run.r"
    > rmarkdown::render("check.rmd", oldbookdown::tex_chapter(), output_dir = "book/tex",
    +     quiet = TRUE, env = globalenv())
    --chapters has been removed. Use --top-level-division=chapter instead.
    Try pandoc.exe --help for more information.
    Error: pandoc document conversion failed with error 2
    Execution halted

当我运行pandoc.exe --help 时，我看到一个条目--top-level-division=section|chapter|part。从--chapters 的切换发生在pandocs v1.17.2 之后，所以我卸载了当前版本并安装了pandocs v1.17.2。我认为这解决了问题，但产生了一个新问题。我现在收到此错误（路径名的短格式或长格式）：

C:\Users...freeze>"C:/PROGRA~1/R/R-35~1.3/bin/x64/R" --quiet --file="run.r"
 #or#
C:\Users...freeze>"C:\Program Files\R\R-3.5.3\bin\x64\R" --quiet --file="run.r"
> rmarkdown::render("check.rmd", oldbookdown::tex_chapter(), output_dir = "book/
tex",
+     quiet = TRUE, env = globalenv())
pandoc.exe: Unknown reader: markdown_style
Error: pandoc document conversion failed with error 7
Execution halted

我的假设是旧版本的pandocs 与新的markdown_style 不兼容。所以我将尝试安装最新版本的 pandocs，然后编辑run.r 文件以将--chapters 更改为--top-level-division=section|chapter|part。如果这是一个愚蠢的想法，请告诉我。

Answer 1

问题在于错误的 R 主目录。 C:/PROGRA~1 只是short form of path elements，实际上指向C:/PROGRAM FILES/...。

R-35~1.1 也一样，它指向/R/R-3.5.1 什么的。这只是一个“简称”。

系统调用失败，但由于我不知道 Windows 调用什么 "C:/PROGRA~1/MIE74D~1/ROPEN~1/R-35~1.1/bin/x64/R" --quiet --file="run.r" 应该这样做，我不知道如何解决这个问题。

您的脚本包含以下代码：

source_clean <- function(path) {
  r_path <- file.path(R.home("bin"), "R")
  ...
}

此时r_path 的值是C:/PROGRA~1/MIE74D~1/ROPEN~1/R-35~1.1/bin/x64/R，这可能是由以前（或失败）的 R Open 安装造成的。

我尝试将 r_path

您可以做的是将r_path 直接设置为包含您的R 安装的目录。打开 R（在 Rstudio 或 R 控制台中）并验证这一点：

file.path(R.home("bin"))
[1] "/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin"

Sys.getenv("R_HOME")
"/Library/Frameworks/R.framework/Resources"

R.home 函数返回 R 主目录。如果您导航到计算机上的确切位置，您应该会看到 R 安装所在的位置。

在 Windows 上设置 R 环境变量

假设您在 C:\Program Files\R\R-3.3.2\bin\x86 找到您的 R 安装，然后执行以下操作：

1. 打开开始菜单，输入“查看高级系统设置”并点击“环境变量”。
2. 在“系统变量”下，选择路径并点击编辑
3. 点击“新建”，将R的文件夹地址添加到那里（C:\Program Files\R\R-3.3.2\bin\x86）

另请参阅 this answer 和 this 以获取设置 R 主页路径的提示。

Answer 2

事实证明，有两个问题，当调用lapply(chapters, render_chapter) 时，这两个问题基本上都给出了相同的错误。它与路径的短版本无关（即C:/PROGRA~1/MIE74D~1/ROPEN~1/R-35~1.1/bin/x64/R）。

首先，oldbookdown::tex_chapter() 返回的列表与最新版本的pandocs 不兼容。于是我把render_chapter函数改成如下：

render_chapter <- function(src) {
  dest <- file.path("book/tex/", gsub("\\.rmd", "\\.tex", src))
  if (!needs_update(src, dest)) return()
  message("Rendering ", src)
  # "changed oldbookdown::tex_chapter()" to "temp"
  command <- bquote(rmarkdown::render(.(src), temp, output_dir = "book/tex", quiet = TRUE, env = globalenv()))
  # added definition for temp (with appropriate changes to 
  # oldbookdown::tex_chapter()) to the writeLines() call
  writeLines(
    c(
      "temp <- oldbookdown::tex_chapter()",
      'temp$pandoc$from <- "markdown"',
      'temp$pandoc$args[1] <- "--top-level-division=chapter"',
      deparse(command)
    ),
    "run.r"
  )
  on.exit(unlink("run.r"))
  source_clean("run.r")
}

其次，pandocs 在后台调用多个 R 包，如果未安装它们会失败。所以我不得不在chapters 中的每个对象上分别调用render_chapter 来识别和安装丢失的包。

现在system("xelatex -interaction=batchmode r-packages ") 失败了，但这是另一个问题的主题。