在 for 循环中出现 tryCatch 错误“找不到对象”答案

【问题标题】：tryCatch error "Object not found" in for loop在 for 循环中出现 tryCatch 错误“找不到对象”
【发布时间】：2020-10-08 21:31:20
【问题描述】：

我正在从多个适合特定范围的 .txt 文件中汇总数据。某些 txt 文件不包含引发错误的目标值。（神秘的是，这以前有效，脚本将继续 - 现在它抛出错误Error in data.frame(df, f) : arguments imply differing number of rows: 0, 所以我引入了 tryCatch 将数据中的数据写入丢失的 df。

使用 tryCatch 将零写入临时表，以便以后对其进行计数。输出文件是一个新的 df，其中包含过滤后的值和找到的文件。

#finds the files with the correct extensions
fs <-list.files(path, pattern=glob2rx("*.txt$")) 
for (f in fs){
  fname <- file.path(path, f)
  df <- read_tsv(fname, skip =1,skip_empty_rows = T, col_types="dd", col_names=c("X1","X2"))
  
  #filters the data that finds the target peak within the tolerances
  # simple 2 column with rows of filtered data
  df<- filter(df,between(X1,mmneg,mmpos))
  
  #create new data based on filtered content
  #tryCatch writes in zeros if no data found.. or it doesn't!
  tryCatch(
    allSpectra <- data.frame(df,f),
    error =function(e) {
      df2<- rbind(df, list(0,0))
      allSpectra <- data.frame(df2,f)
      }
    )
  
  
  #write new data to file
  write.table(allSpectra,
              paste("SearchResults_",mc,"_masstol",tol,"mmu.csv", sep =""),
              append= T,
              sep=",",
              row = F,
              col.names = F
  )
}

输出：

> Error: object 'allSpectra' not found

当我不在 for(f in fs) 内运行以下命令时，allSpectra 没有问题。我怀疑我的 tryCatch 有错误

df2<- rbind(df, list(0,0))
      allSpectra <- data.frame(df2,f)

> allSpectra
  X0 X0.1                                        f
1  0    0 PterocarpusTinctorius_WD161955_Tw313.txt

【问题讨论】：

如果它继续循环到下一个文件并创建一个空表，我也会很高兴
我认为您使用的是dplyr（由于between），这意味着filter 很可能返回一个data.frame，然后您在另一个我>data.frame。您当时认为 df 应该是什么？如果问题是可重现的，包括有代表性的样本数据（例如来自dput(head(x))），那么提供帮助会容易得多。
@r2evans 我有conflict_prefer("filter", "dplyr") 我会根据您所说的提供线索，清理并解决问题。 df 是一个临时的data.frame，它保存了来自 txt f 的过滤行。在合并到 write.table 之前
是的，data.frame(data.frame(...), data.frame(...)) 应该是什么样的？
谢谢，在下面发布更新作为答案。删除了 df 中凌乱的第二个 df 并调整了 tryCatch

标签： r for-loop try-catch

【解决方案1】：

删除了不必要的额外 data.frame 调用和 allSpectra。调整tryCatch 命令，在tryCatch 函数外调用next f in fs。

fs <-list.files(path, pattern=glob2rx("*.txt$")) 
for (f in fs){
  fname <- file.path(path, f)
  df <- read_tsv(fname, 
                 skip =1,
                 skip_empty_rows = T, 
                 col_types = "dd",
                 col_names=c("X1","X2")
                 )
  #filters the data that finds the target peak within the tolerances
  #simple 2 column with rows of filtered data
  df<- filter(df,between(X1,mmneg,mmpos)) 
 
  #add filename f to filtered content
  #trycatch skips to next f if no value is present in current f
  skip_to_next <- FALSE
  tryCatch(
    df2<-cbind(df,f),
    error = function (e) { skip_to_next <<- TRUE})
  if(skip_to_next) { next }     
  
  tol2<- tol*1000
  #write new data to file
  write.table(df2,
              paste(species,"_",mc,"_masstol",tol2,"mmu.csv", sep =""),
              append= T,
              sep=",",
              row = F,
              col.names = F
  )
}```

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