如何从python捕获matlab函数的输出

Question

我正在运行下面的 python 代码来评估数组的平均值：

def matlab_func1(array):
    p = os.popen('matlab -nodesktop -nosplash  -r "mean('+str(array)+');exit"')
    while 1:
        line = p.readline()
        if not line:
            break
        print line

matlab_func1([1,2,3]) 

从下面的matlab脚本可以看出输出返回y。我想从 python 中捕获这个输出。

function y = mean(x,dim)
...
...
end

该解决方案必须适用于其他 matlab 函数。 'mean' 函数只是一个例子。

Answer 1

使用fprintf 将需要的文本写入stderr。只需在开头添加一个额外的参数2。

import subprocess
import os
def matlab_func1(array):
    p = subprocess.Popen(['/home/user/Matlab/bin/matlab', '-nodesktop', '-nosplash', '-r "m = mean(' + str(array) + ');fprintf(2, \'%d\\n\',m);exit" >/dev/null'], stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE)
    while 1:
        try:
            out, err = p.communicate()
        except ValueError:
            break
        print 'hello' + err

matlab_func1('[1,2,3]') 

需要注意的几点：

• 将 Python 命令更改为 subprocess.Popen，它允许 stderr 管道。
• 在 Matlab 命令中，使用fprintf 将想要的信息写入stderr。这可以将代码输出与 Matlab 的标题行分开。
• 回到 Python，使用 Popen.communicate() 捕获 stderr 输出。
• ValueError 异常处理 Matlab 的退出事件（p 已关闭）。

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编辑：

对于提供多个输出的函数

假设一个 Matlab 函数是

function [y, z] = foo(x)
    y = x+1;
    z = x*20;
end

重点是使用fprintf 来抛出输出，同时像在Matlab 中通常那样做所有其他事情。

方法 1 - 内嵌脚本

p = subprocess.Popen(['/home/user/Matlab/bin/matlab', '-nodesktop', '-nosplash', '-r "[y, z] = foo(' + str(array) + ');for ii=1:length(y) fprintf(2, \'%d %d\\n\',y(ii),z(ii)); end; exit" >/dev/null'], stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE)

方法 2 - 独立脚本

首先新建一个caller.m脚本

[y, z] = foo(x);
for ii=1:length(y)
    fprintf(2, '%d %d\n',y(ii),z(ii));
end

注意x是Python调用时要赋值的；脚本共享相同的堆栈。 （记住不要clear调用者脚本中的工作区。）

然后，从 Python 调用脚本

p = subprocess.Popen(['/home/user/Matlab/bin/matlab', '-nodesktop', '-nosplash', '-r "x=' + str(array) + ';caller; exit" >/dev/null'], stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE)

将 Matlab 结果存储在 Python 变量中

• 当通过stdout/stderr管道传递数据时：

  请参阅this 和subprocess.check_output()。

• 在处理double 或二进制等严肃数据时：

  使用 Matlab 将数据写入外部文件。然后用 Python 读取这个文件。应该定义双方相互交谈的协议。