通过 Python 子进程与 R 脚本交互答案

【问题标题】：Interacting with R script via Python subprocess通过 Python 子进程与 R 脚本交互
【发布时间】：2013-04-02 13:30:34
【问题描述】：

我想知道如何打开一个 R 脚本并与之交互（例如，发送字符串、整数等）。尽管我以前没有使用过它，但 subprocess 似乎是一种合理的方法。

到目前为止，我已经

process = subprocess.Popen(['/path/to/Rscript --no-save path/to/script.R'], stdout=subprocess.PIPE, stdin=subprocess.PIPE, shell=True)

这似乎成功打开了 script.R，但是在我的脚本中，我提示用户输入一个整数，我无法完全弄清楚如何执行此操作。我试过了：

process.communicate(input=1)[0]

但我似乎找错了树。子进程在没有收到此输入的情况下关闭。

编辑：此时 Rpy 可能不是一个好的替代方案，因为此脚本的用户不一定有权访问该模块及其依赖项。

【问题讨论】：

【解决方案1】：

试试 PypeR 吗？

通过管道在python中使用R是一个很棒的接口。

【讨论】：

【解决方案2】：

EDIT2

那又怎样？

process = subprocess.Popen(['/path/to/Rscript', '--no-save', 'path/to/script.R'], stdout=subprocess.PIPE, stdin=subprocess.PIPE)

EDIT1

您只能通过标准输入和标准输出在进程之间通信字符串。

process.communicate("1\n") 有帮助吗？

【讨论】：

不幸的是，没有。 string 与 int 的区别无关紧要，因为在可以传递输入之前进程关闭。
是的，这似乎有帮助。我现在可以通过 process.stdin.write('source("script.R")') 将字符串传送到子进程，这是向前迈出的一步，谢谢！