使用带有模块加载的python子进程答案

【问题标题】：Using python subprocess with module load使用带有模块加载的python子进程
【发布时间】：2016-04-28 08:56:49
【问题描述】：

我目前在 unix 环境中使用 Python 2.7。我需要在我的 python 脚本中运行 R 脚本，但我无法让它工作，因为我的 R 模块需要先加载（使用“模块加载”）

这是我的 python 脚本：

import os
import subprocess as sp

os.system('module load R/3.2.3')
out = sp.check_output(['Rscript','test.R'], universal_newlines=True)

我一直有同样的错误：“[Errno 2] 没有这样的文件或目录”

有什么想法吗？我查看了here 和here，但无法正常工作。

感谢您的帮助！

【问题讨论】：

【解决方案1】：

所以“模块加载”实际上所做的是在调用 shell 中设置一些环境变量。所以当你这样做时：

os.system('module load R/3.2.3')

Python 创建一个进程，在其中运行/bin/sh，然后将该命令传递给shell。模块环境变量在该 shell 中设置。然后那个 shell 退出——工作完成！

环境变量不会——也不能——传播回 Python 进程。所以当你这样做时：

sp.check_output(['Rscript','test.R'])

你之前跑过module load是完全不相关的。

那么你怎么能解决这个问题呢？好吧，一种可能性是明确指定Rscript 的路径：

sp.check_output(['/your/full/path/to/Rscript','test.R'])

另一个是结合你的命令：

sp.check_output('module load R/3.2.3 && Rscript test.R', shell=True)

最后，您可以在运行 Python 脚本之前简单地运行 module load。它设置的环境变量可以一直传播到 Python 中的 R 调用。

【讨论】：