运行时命令行无法识别 subprocess.call 命令中的变量，特别是文件

Question

我正在尝试通过 subprocess.call() 传递以下命令

command = ['htseq-count', '-t', 'miRNA', '-i', 'Name', f, annot_file, out_file]

在运行时，我收到 htseq-count 至少需要 2 个参数的通知，这意味着它无法识别命令中有输入文件。

在运行时打印命令会得到以下结果：

['htseq-count', '-t', 'miRNA', '-i', 'Name', 'KDRD1XX_ACAGTG_L001_R1_001_trimmedaligned.sam', 'hsa.gff3', 'KDRD1XX.htseq.sam']

哪个是正确的文件输入。

插入打印出来的命令（当然没有逗号和引号）工作正常，所以没有问题。

在使用 subprocess.call() 之前使用变量列表没有任何问题，因此我们将不胜感激！

完整代码：

import sys
import subprocess
import os

annot_file='hsa.gff3'
dirs= os.listdir('.')

for f in dirs:
    if f.endswith("_trimmedaligned.sam"):

        of=f.split('_')
        outfile='>'+of[0]+'.htseq.sam'
        command=['htseq-count','-t','miRNA','-i','Name',f,annot_file, out_file] 
        #print(command)
        subprocess.call(command)

Answer 1

> 是 shell 语法。这是文件的标准输出redirection。这意味着您需要使用 subprocess.call(command, shell=True) 在 shell 中运行命令

但是因为这需要仔细引用所有参数以防止shell command injection，我建议运行命令并保存 Python 的输出：

for f in dirs:
    if not f.endswith("_trimmedaligned.sam"):
        continue

    of=f.split('_')
    outfile=of[0]+'.htseq.sam'
    command = [
        'htseq-count',
        '-t',
        'miRNA',
        '-i',
        'Name',
        f,
        annot_file,
    ]

    process = subprocess.Popen(command,
                               stdout=subprocess.PIPE,
                               stderr=subprocess.PIPE)

    stdout, stderr = process.communicate()

    # Don't miss to check the exit status
    if process.returncode != 0:
        print("Ooops! Something went wrong!")

    # Write output file
    with open(out_file, 'wb') as fd:
        fd.write(stdout)

PS：上面的例子适用于小输出文件。它缓冲内存中的所有输出。如果输出文件将达到合理的大小，您可以使用poll() 流式传输命令的输出，如下所述：https://stackoverflow.com/a/2716032/171318