在 Python 中执行 shell 程序而不打印到屏幕上

Question

有没有一种方法可以让我从 Python 执行一个 shell 程序，将其输出打印到屏幕上，并将其输出读入一个变量而不在屏幕上显示任何内容？

这听起来有点混乱，所以也许我可以通过一个例子更好地解释它。

假设我有一个程序在执行时会在屏幕上打印一些东西

bash> ./my_prog
bash> "Hello World"

当我想将输出读入 Python 中的变量时，我读到一个好方法是像这样使用 subprocess 模块：

my_var = subprocess.check_output("./my_prog", shell=True)

使用这个结构，我可以将程序的输出输入到my_var（这里是"Hello World"），但是当我运行 Python 脚本时它也会打印到屏幕上。有什么办法可以抑制这种情况吗？我在 subprocess 文档中找不到任何内容，所以也许还有另一个模块可以用于此目的？

编辑： 我刚刚发现commands.getoutput() 让我这样做。但是有没有办法在subprocess中实现类似的效果呢？因为我打算在某个时候制作 Python3 版本。

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EDIT2：特定示例

python脚本摘录：

oechem_utils_path = "/soft/linux64/openeye/examples/oechem-utilities/"\
        "openeye/toolkits/1.7.2.4/redhat-RHEL5-g++4.3-x64/examples/"\
        "oechem-utilities/"

rmsd_path = oechem_utils_path + "rmsd"

for file in lMol2:
            sReturn = subprocess.check_output("{rmsd_exe} {rmsd_pars}"\
                 " -in {sIn} -ref {sRef}".format(rmsd_exe=sRmsdExe,\
                 rmsd_pars=sRmsdPars, sIn=file, sRef=sReference), shell=True)
    dRmsds[file] = sReturn

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屏幕输出（注意不是“所有”都打印到屏幕上，只有一部分 输出，如果我使用 commands.getoutput 一切正常：

/soft/linux64/openeye/examples/oechem-utilities/openeye/toolkits/1.7.2.4/redhat-RHEL5-g++4.3-x64/examples/oechem-utilities/rmsd: mols in: 1  out: 0
/soft/linux64/openeye/examples/oechem-utilities/openeye/toolkits/1.7.2.4/redhat-RHEL5-g++4.3-x64/examples/oechem-utilities/rmsd: confs in: 1  out: 0
/soft/linux64/openeye/examples/oechem-utilities/openeye/toolkits/1.7.2.4/redhat-RHEL5-g++4.3-x64/examples/oechem-utilities/rmsd - RMSD utility [OEChem 1.7.2]

/soft/linux64/openeye/examples/oechem-utilities/openeye/toolkits/1.7.2.4/redhat-RHEL5-g++4.3-x64/examples/oechem-utilities/rmsd: mols in: 1  out: 0
/soft/linux64/openeye/examples/oechem-utilities/openeye/toolkits/1.7.2.4/redhat-RHEL5-g++4.3-x64/examples/oechem-utilities/rmsd: confs in: 1  out: 0

Answer 1

要添加到 Ryan Haining 的答案，您还可以处理 stderr 以确保没有任何内容打印到屏幕上：

 p = subprocess.Popen(command, shell=True, stdin=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.STDOUT, stdout=subprocess.PIPE, close_fds=True)
out,err = p.communicate()

Answer 2

如果 subprocess.check_ouput 不适合您，请使用 Popen 对象和 PIPE 在 Python 中捕获程序的输出。

prog = subprocess.Popen('./myprog', shell=True, stdout=subprocess.PIPE)
output = prog.communicate()[0]

.communicate() 方法将等待程序完成执行，然后返回一个 (stdout, stderr) 的元组，这就是为什么您要使用 [0] 的原因。

如果您还想捕获stderr，则将stderr=subprocess.PIPE 添加到Popen 对象的创建中。

如果您希望在运行时捕获prog 的输出而不是等待它完成，您可以调用line = prog.stdout.readline() 一次读取一行。请注意，如果没有可用的线路直到有可用线路，这将挂起。

Answer 3

我一直用Subprocess.Popen，正常没有输出