编写代码：启动 R 会话、运行 R 脚本、终止会话、重复答案

【问题标题】：Writing code to: start an R session, run R script, terminate session, repeat编写代码：启动 R 会话、运行 R 脚本、终止会话、重复
【发布时间】：2013-04-05 15:21:19
【问题描述】：

我正在寻找一种简单的“设置并忘记它”的方式，可以作为终端中的单个参数字符串或简单的 Java 程序，以自动执行以下操作：

1) 开始一个 R 会话

2) 告诉 R 获取包含用于冗长并行模拟的代码的 .R 文件

3) 完成后终止 R 会话

4) 开始一个新的 R 会话

5) 告诉 R 获取其他 .R 文件

6) 完成后终止 R 会话

7) 起泡、冲洗、重复

我的 .R 脚本总共需要几天时间才能运行，在此期间我将出城并且无法检查它们，如果我在同一个会话中运行它们，我就无法避免用尽我的可用 RAM。

谢谢！

编辑：我在 Ubuntu 12.04 LTS 上运行 R 2.15.3，具有 16GB RAM

【问题讨论】：

你试过Rscript.exe吗？在批处理脚本中使用它。
为什么不直接使用 bash 脚本并通过 R --vanilla < ./script1.R && R --vanilla < ./script2.R 之类的方式执行每个 R 脚本？
rm(list = ls()); gc() 在源文件之间释放内存。
@sidoh 也许他希望动作以 R 输出为条件，并且从 Java 级别来看，它的结构似乎更简单？但是让我们问问他。
@sidoh：这正是我想要的！我想我需要复习一下我的终端命令...

标签： java r terminal

【解决方案1】：

使用Rscript 处理启动和终止 R 会话的过程。所以写你的脚本这样称呼它们：

Rscript script_1.R
Rscript script_2.R
...
Rscript script_Inf.R

剩下的第 2 点和第 5 点......这是一个简单的问题：

source('/home/sc_evans/script_abc.R')

...在任何脚本的开头。

每个脚本都将获得自己的 R 会话，该会话将在完成后终止。将这些命令放入批处理脚本并运行它。

编辑

如果我自己这样做，我会忘记使用单独的脚本。只要您正确管理内存，运行单个进程就可以正常工作。将您的流程划分为适当的功能：

massive_process_1 <- function() {
  x <- do_something()
  saveRDS(x, '/home/sc_evans/results/first_result.rds')      
}

massive_process_2 <- function() {
  x <- do_something()
  saveRDS(x, '/home/sc_evans/results/second_result.rds')      
}

massive_process_1()
massive_process_2()

等等。下一个函数在第一个函数完成之前不会运行，并且您的对象应该在函数中消失，因此您不应该耗尽内存。

【讨论】：

哇，这比我想象的要简单得多。是的，我应该更妥善地管理我的内存——我尽我所能在使用后立即删除所有对象并不时调用 gc()，但这似乎仍然不够。哦，好吧，练习练习……

【解决方案2】：

你可以看看这个解决方案http://www.rforge.net/JRI

【讨论】：

【解决方案3】：

如果我们将较长的 R 脚本放入循环并将所有重复的代码部分放入循环中，则不需要启动和终止 R 会话的过程。无需开始会话，您只需执行以下前三个步骤：

使用write.csv方法[文件写入]保存你的结果脚本。
使用Sys.time(seconds) 延迟或中断短路使用“基础”包的秒数
通过使用“mise”清除控制台和 fig 工作区哪个是释放对象空间的更重要的包已经执行的脚本。
我们也可以为声音“beepr”打包method:beep(3)。

在此之后我的较长脚本执行不会终止希望对你有帮助

【讨论】：