如何在 Perl 中使用用户输入运行本地程序

Question

我正在尝试从用 Perl 编写的网页获取用户输入并将其发送到本地程序 (blastp)，然后显示结果。

这就是我现在拥有的：

(input code)

print $q->p, "Your database: $bd",
$q->p, "Your protein is: $prot",
$q->p, "Executing...";

print $q->p, system("blastp","-db $bd","-query $prot","-out results.out");

现在，我做了一些研究，但我不能完全理解你应该如何在 Perl 中做这样的事情。我尝试打开一个文件，写入文件，然后将其作为输入发送到 blastp，但没有成功。

作为参考，这一行产生一个成功的输出文件：

 kold@sazabi ~/BLAST/pataa $ blastp -db pataa -query ../teste.fs -out results.out

我可能需要强制 bd 从绝对路径加载，但这应该不难。

edit：是的，数据库有一个环境变量，这是固定的。好的，我所需要的只是将输入放入文件中，将其传递给命令，然后将输出文件打印到 CGI 页面。

edit2：澄清：

我在 $prot 中接收用户输入，我想将它传递给 blastp in -query，让程序 blastp 执行，然后将 results.out 文件打印给用户（或者只是有一个链接，因为blastp可以输出HTML）

编辑：

好的，修复了我需要修复的所有内容。最大的问题是我没有发现问题所在：我必须安装 Tiny:Capture 并打印出 stderr，这时我意识到环境变量设置不正确，因此 BLAST 没有找到我的数据库。感谢大家的帮助！

Answer 1

1. 将$prot 写入文件。假设您需要按原样执行此操作，而不需要处理文本以将其拆分或其他内容：

   • 对于一个固定的文件名（可能有问题）：

     use File::Slurp;
     write_file("../teste.fs", $prot, "\n") or print_error_to_web(); 
           # Implement the latter to print error in nice HTML format
     

   • 对于临时文件（更好）：

     my ($fh, $filename) = tempfile( $template, DIR => "..", CLEANUP => 1);
     # You can also create temp directory which is even better, via tempdir()
     print $fh "$prot\n";
     close $fh;
     

2. 第 2 步：按照您的指示运行命令：

   my $rc = system("$BLASTP_PATH/blastp", "-db", "pataa"
                   ,"-query", "../teste.fs", "-out", "results.out");
   # Process $rc for errors
   # Use qx[] instead of system() if you want to capture 
   #      standard output of the command
   

3. 第三步：读取输出文件：

   use File::Slurp;
   my $out_file_text = read_file("results.out");
   

4. 发送回网络服务器

   print $q->p, $out_file_text;
   

上面的代码有多个问题（例如，您需要更好的文件/目录路径、更多的错误处理等...）但应该让您走上正轨。