使用 afni 程序在 tcsh 中进行 foreach 循环

Question

我在工作中使用了一个名为 AFNI 的程序，我们都不是程序员，但我们有足够的知识来解决问题。通常，当我们有很多要运行 AFNI 的文件时，我们必须在将命令复制到终端之前复制并粘贴命令并在记事本中编辑文件名，这可能会引发许多错误。我们正在尝试通过使用 shell 脚本来简化这一过程。

我正在尝试在其中包含 .nii 文件的文件夹上运行 foreach 循环，并且我希望将这些文件名附加到以“3dclustsim”开头的行的末尾。我希望将文件名放在 $name 所在的位置，以便在该文件上执行命令。

到目前为止，我有：

#!/bin/tcsh

clear
set path = ($path /home/lab/abin)
afni


foreach name (`*.nii`)
    3dclustsim -fwhmxyz 16 16 16 -pthr 0.05 0.01 0.005 0.001 -athr 0.05 -nodec -iter 10000 -OKsmallmask -mask /home/lab/Desktop/Masks/$name
end

我对上述任何迭代或我在网上找到的任何修改都没有运气。我知道很多人对 C shell 不屑一顾，但是这个程序只能在终端的 Unix/Linux/Mac 机器上的 tcsh 中运行。

如果还有什么需要我提供的，请告诉我。

Answer 1

你在正确的轨道上。

尝试添加/替换它

cd /path/to/dir/with/nii_files
/bin/ls -l *.nii

foreach name ( * ) 
     3dclustsim -fwhmxyz 16 16 16 -pthr 0.05 0.01 0.005 0.001 -athr 0.05 -nodec -iter 10000 -OKsmallmask -mask /home/lab/Desktop/Masks/$name
end

您的afni 程序可能正在读取一个配置文件，该文件告诉它将文件放在哪里。你必须 cd 到正确的目录来处理它们。

您的操作可能正确，但收到错误消息*.nii : No Match 是在告诉您要处理的文件不存在。

但是，您的问题令人困惑的部分是您已将 *.nii 括在反引号中（在 for 循环中）。反引号的意思是“找到结束的反引号，然后获取封闭的字符串并将其作为命令执行。如果您在该目录中确实没有文件，您应该看到类似

 foreach name (`nonesuch`)
 nonesuch : Command not Found.

但是，也就是说，如果您使用 cd 和 ls，您可以向自己证明您在正确的目录中，然后应该处理文件。

此外，如果您使用 Windows 编辑器创建此脚本，然后在 Unix/Linux 上执行，则需要

dos2unix ./myScript.sh
chmod 755 ./myScript.sh
#then you can run it
./myScript.sh

IHTH