for循环期间文件名堆叠答案

【问题标题】：File names stacking during for loopfor循环期间文件名堆叠
【发布时间】：2011-06-08 16:49:39
【问题描述】：

我是 shell 脚本的新手，所以这可能是一个愚蠢的问题。虽然我还没有在网上找到答案。我正在使用一个同事脚本并对其进行更改，以便它适用于我的数据。现在我正在运行一个只使用我的三个数据文件的测试。代码在脚本中的某个位置执行 for 循环，并且应该为每个不同的文件执行一次循环（3 次）。

listtumor=`cat /Users/TReiersen/Work-Folder/OV/DataProcessing/TestRun/MatchedTumorTest.txt`
for i in $listtumor
do
lst=`ls /Users/TReiersen/Work-Folder/OV/DataProcessing/TestRun/freshstart/${i}*.txt | awk -F'/' '{print $9}'`

MatchedTumorTest.txt 仅包含我用于测试的三个不同文件名，没有 '.txt' 据我所知，这段代码应该只运行脚本三次，每个文件一次。相反，我收到了这个错误：

ls: /Users/TReiersen/Work-Folder/OV/DataProcessing/TestRun/freshstart/TCGA-04-1514-01A-01D-0500-02_S01_CGH_105_Dec08\rTCGA-04-1530-01A-02D-0500-02_S01_CGH_105_Dec08\rTCGA-04-1542-01A-01D-0500-02_S01_CGH_105_Dec08*.txt: No such file or directory

由于某种原因，所有文件名都堆叠在一起，而不是循环单独访问每个文件名。任何想法为什么会发生这种情况？

谢谢， T.J.

【问题讨论】：

标签： macos shell unix

【解决方案1】：

看起来您的文本文件中的行可能由回车符而不是换行符分隔。由于您的示例中的所有文件名都没有空格，因此如果您像这样初始化 listtumor，for 循环应该可以正常工作：

listtumor=`tr '\r' '\n' < /Users/TReiersen/Work-Folder/OV/DataProcessing/TestRun/MatchedTumorTest.txt`

tr 命令会将回车转换为换行符，这是大多数文本处理器（如 shell 自己的 for 命令）所期望的），并将结果写入标准输出。

【讨论】：

这也很有效！我被要求不要使用 while 循环，所以我使用了这个。谢谢！

【解决方案2】：

for 循环不能很好地处理某些类型的分隔符。试试这个：

while read line; do
    lst=`ls /Users/TReiersen/Work-Folder/OV/DataProcessing/TestRun/freshstart/${line}*.txt | awk -F'/' '{print $9}'`
    ...
done < /Users/TReiersen/Work-Folder/OV/DataProcessing/TestRun/MatchedTumorTest.txt

我在这里假设您使用换行符分隔 MatchedTumorTest.txt。

【讨论】：

@Chris 它似乎已经摆脱了原来的错误，但现在我得到了不同的错误。
qc-column-level-tumorTEST.sh：第 104 行：语法错误：文件意外结束
我不知道这是否与所做的更改有关；我会玩一会儿。
@T.J.，在done 行上使用< 而不是<< 进行文件重定向

【解决方案3】：

所以结合在一起：

dir="/Users/TReiersen/Work-Folder/OV/DataProcessing/TestRun"
file="$dir/MatchedTumorTest.txt"

< "$file" tr '\r' '\n' | while read tumor
do
   ls "$dir/freshstart" | grep "$tumor.*\.txt$" 
done

将打印目录 $dir/freshstart 中的所有 .txt 文件名，其中包含文件 MatchedTumorTest.txt 的名称

【讨论】：