在 Ubuntu 中执行 python 脚本默认为 shell 而不是 bash答案

【问题标题】：Executing a python script in Ubuntu defaults to shell and not bash在 Ubuntu 中执行 python 脚本默认为 shell 而不是 bash
【发布时间】：2016-11-07 15:11:58
【问题描述】：

我在 Ubuntu 中运行依赖于正在安装的软件包的 python 脚本。这些都已安装，因为我可以调用它们，但脚本不能。

我认为这是因为脚本使用的是 shell(sh) 而不是 bash 版本。我收到此错误消息：

sh: genomeCoverageBed: command not found

但可以在 Bash 中手动调用基因组覆盖床：

ubuntu@fat:~/jonathan/scripty$ genomeCoverageBed 


Tool:    bedtools genomecov (aka genomeCoverageBed)
Version: v2.26.0

Summary: Compute the coverage of a feature file among a genome.

我的 Stackoverflow 问题的这一部分具有误导性和错误性！：

我已将此 shebang 添加到我的 python 脚本的开头：

#!/bin/bash

但这并没有影响结果，

从我的脚本中删除它仍然会导致相同的错误消息这是脚本的一部分：

for filename in os.listdir(folder):
if filename.endswith(".sorted.bam"):
    namefile = filename.replace(".sorted.bam", "_ncoverage.txt")
    folder_name = filename.replace(".sorted.bam", "")
    os.system("mkdir " + folder_name)
    os.system("coverageBed -s -d -a bam " + folder + filename + " -b " + gff_file + " > " + folder_name + "/" + namefile)

这是我运行此脚本时发生的情况：

ubuntu@fat:~/jonathan/script$ sudo python2.7 script1.py ./Folder/ ./Folder/ref.fasta genbank.gff
sh: coverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: coverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: coverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: coverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: coverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: coverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: coverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: coverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: coverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found

你对我能做什么有什么建议，或者即使我走在正确的轨道上？感谢您的帮助！

【问题讨论】：

嗯，你把#!/bin/sh放在python脚本的顶部？它运行一个子shell，而不是python。
您的脚本到底是用什么语言编写的，python 或 bash??
但是你为什么把#!/bin/bash作为第一行呢？如果它是一个 python 脚本，则输入类似#!/usr/bin/python.
sudo 可能是您的问题。当您sudo 在不同的环境中运行时，它可能无法找到您的程序。从外壳，sudo 工作吗？即ubuntu@fat:~/jonathan/scripty$ sudo genomeCoverageBed?
在常规 shell 中，使用type genomeCoverageBed 查看它是什么类型的命令（别名、函数或可执行文件）。如果它是非标准位置的可执行文件，则可以只使用绝对路径，例如/home/you/bin/genomeCoverageBed.

标签： python linux bash shell ubuntu

【解决方案1】：

你用错了shebang

#!/bin/bash

当要求 linux shell 运行文本文件（例如，./myprogram.py）时，它会查看 shebang 以确定应该使用哪个程序来解释文本。在您的情况下，您要求 shell 运行 /bin/bash - 另一个 shell，它试图将 python 脚本解释为 shell 脚本。

你可以用不同的方式写shebang

#!/usr/bin/env python3

这告诉 shell 运行 /usr/bin/env，它将在 PATH 中搜索名为 pythnon3 的东西。现在，您为当前环境运行 python 设置。默认情况下，它是系统 python，但如果你在 python 虚拟环境中运行，它会运行 that python。

shebang 仅在 linuxy 系统上使用，并且仅在您使脚本可执行并直接运行时使用。如果在 Windows 上运行（在 cygwin 或其他类 unix shell 之外）或直接运行 python (python /path/to/myscript.py)，则不使用它。

【讨论】：

确认一下，我正在尝试在 bash 环境中执行 python 脚本，是吗？我通常按如下方式运行脚本：sudo python2.7 script.py
您最后的评论对我来说是最重要的。您只使用 shebang 使脚本可执行并直接运行它。我通过包含我错误的快速修复“#!/bin/bash”误导了您和其他人。原来的问题仍然存在
@JonathanAbrahams 你能发布一个失败的python脚本的小例子吗？只需将其破解为几行来演示问题并在您的问题中发布 - 加上完整的堆栈跟踪（如果适用）。然后我们就可以解决问题了。

【解决方案2】：

正如@tdelaney 在 cmets 中提到的那样，您的 shebang 正在调用子外壳。你需要使用类似下面的东西来使用 python 作为执行文件的程序：

#! /usr/bin/env python

【讨论】：

【解决方案3】：

如果你输入 #!/bin/bash ，Ubuntu 将不会在 python 中运行 python 文件，它将在 bash 中打开。试试把 #!/usr/bin/python 或 #!/usr/bin/env python

【讨论】：

【解决方案4】：

我关注了这个帖子：

https://unix.stackexchange.com/questions/83191/how-to-make-sudo-preserve-path

并添加：

sudo env "PATH=$PATH"

到我的命令开始，这解决了我的问题！

感谢所有帮助过的人！

【讨论】：