Python包含shell路径文件名答案

【问题标题】：Python include shell path filenamePython包含shell路径文件名
【发布时间】：2019-10-29 11:04:47
【问题描述】：

这是我在 shell 中的代码，我包含了 python 命令：

for file in `ls $FOLDER`
do
    echo "$file"
    var=`python -c "from Bio import SeqIO, SeqUtils; import os; rec = SeqIO.read("**$FOLDER/$file**", 'fasta'); SeqUtils.xGC_skew(rec.seq, 220000)" `
done

而且我不知道如何让python识别我的文件名

【问题讨论】：

您是否遇到任何错误？如果是，请在问题中添加错误输出。
这是错误：回溯（最近一次调用最后一次）：文件“”，第 1 行，在文件“/home/criuser/anaconda2/lib/python2.7/ site-packages/Bio/SeqIO/__init__.py"，第 671 行，在读取中引发 ValueError("发现多个记录
它就像没有看到我的文件，我不知道如何用python方式告诉它'$FOLDER/$file'

标签： python shell path command

【解决方案1】：

python代码中需要对双引号进行转义：

for file in `ls $FOLDER`
do
    echo "$file"
    var=`python -c "from Bio import SeqIO, SeqUtils; import os; rec = SeqIO.read(\"$FOLDER/$file\", 'fasta'); SeqUtils.xGC_skew(rec.seq, 220000)" `
done

【讨论】：

【解决方案2】：

我看到了一些常见的 shell 错误：

Don't parse ls。利用
```
for file in "$FOLDER"/*; ...
```
使用$(...) 而不是`...` -- 更易于阅读、更易于嵌套。 Reference
改掉使用 ALLCAPS 变量名的习惯，保留那些由 shell 保留的名称。有一天你会写PATH=something，然后写wonder why your script is broken。

【讨论】：