按频率降序排列

Question

我希望能够按频率递减的顺序显示输出。如果两个或多个密码子具有相同的频率，则脚本应使用密码子的字母顺序打破平局。在这个例子中，cag 和 gtt 都只出现一次，但是因为 c 在 g 之前，所以 cag 在上面的 gtt 之前。

当我运行我的脚本时

cat test
aacgtttgtaaccagaactgt
./histogram test
3 aac 
1 gtt 
2 tgt 
1 cag 

但相反，我希望能够做到

./histogram test
3 aac

2 tgt

1 cag

1 gtt

我做了什么

declare -a codons=(aac gtt tgt cag)

for items in  ${codons[@]}
do

        count=$( grep -o $items $1  | sort  -k1,1nr -k2,2 | wc -l)

     # count=$( grep -o $items $1 | uniq -c | wc -l | sort  -k1,1nr -k2,2  )
        echo "$count $items "
done

Answer 1

只需对输出进行排序。

./histogram test | sort -k1,1nr -k2,2

如果您想将sort 包含到您的脚本中，您可以在循环的done 之后附加它：

...
done | sort -k1,1nr -k2,2

顺便说一句：sort | wc -l 是浪费时间，因为sort 不会改变行数。只需使用wc -l。

对于./histogram test this should print 的示例输出

3 aac
2 tgt
1 cag
1 gtt