将 bash 变量导入 slurm 脚本答案

【问题标题】：Import bash variables into slurm script将 bash 变量导入 slurm 脚本
【发布时间】：2020-04-29 14:27:49
【问题描述】：

我见过类似的问题，但和我的不完全一样：Use Bash variable within SLURM sbatch script，因为我不是在谈论 slurm 参数。

我想为我的每个示例文件启动一个 slurm 作业，所以假设我有 3 个 vcfs，我想为每个文件运行一个作业：

我创建了一个脚本来循环遍历一个文件，在该文件中我编写了 sampleIds 来为每个示例运行另一个脚本，如果我想直接使用 bash 运行它，这将非常有效：

while read line
do

sampleID="${line[0]}"

myscript.sh $sampleID

问题是我需要使用 slurm 运行脚本，那么有什么方法可以指示 slurm 应该包含的 bash 变量吗？

我正在尝试这个，但它不起作用：

sbatch myscrip.sh --export=$sampleID

【问题讨论】：

标签： slurm

【解决方案1】：

好的，我已经解决了：

sbatch --export=sampleID=$sampleID myscript.sh

【讨论】：