使用系统中的多个命令从 R 调用外部程序答案

【问题标题】：Calling external program from R with multiple commands in system使用系统中的多个命令从 R 调用外部程序
【发布时间】：2014-02-23 09:02:42
【问题描述】：

我是编程新手，主要是我能够在 R 中编写一些脚本，但对于我的工作，我需要调用一个外部程序。为了让这个程序在 ubuntu 的终端上运行，我必须先使用 setenv 然后执行程序。谷歌搜索我找到了 system() 和 Sys.setenv() 函数，但不幸的是我可以让它起作用。

这是在 ubuntu 终端中运行的代码：

$ export PATH=/home/meme/bin:$PATH
$ mast "/home/meme/meme.txt" "/home/meme/seqs.txt" -o "/home/meme/output" -comp

其中前两个参数是输入文件，-o 参数是输出目录，-comp 是程序运行的另一个参数。

尽管它已经在终端中工作，但我需要在 R 中执行它的原因是因为我需要使用 1000 个不同的文件运行程序 1000 次，所以我想创建一个 for 循环，其中输入名称在每个循环中都会更改然后分析 R 中的每个输出。

我已经尝试过使用：

Sys.setenv(PATH="/home/meme/bin"); system(mast "/home/meme/meme.txt" "/home/meme/seqs.txt" -o "/home/meme/output" -comp )

和

system(Sys.setenv(PATH="/home/meme/bin") && mast "/home/meme/meme.txt" "/home/meme/seqs.txt" -o "/home/meme/output" -comp )

但总是收到：

Error: unexpected constant string in "system(mast "/home/meme/meme.txt""

或

Error: unexpected symbol in "system(Sys.setenv(PATH="/home/meme/bin") && mast "/home/meme/meme.txt""

在这一点上，我已经没有想法来完成这项工作。如果这个问题已经得到解答，那么我的谷歌搜索很差，我会很感激任何指向它的回复的链接。

非常感谢您的宝贵时间。

卡洛斯

其他细节：

我使用的是 Ubuntu 12.04 64 位版本，RStudio 版本 0.97.551，R 版本 3.0.2 (2013-09-25) -- “飞盘帆船” 平台：x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) . 我使用的程序 (MAST) 在字母列表中找到一个序列模式，它是在 http://meme.nbcr.net/meme/doc/meme-install.html 中找到的 MEME SUIT 版本 4.9.1 的一部分，并通过命令行运行。 mast的命令行用法是：

mast    <motif file> <sequence file> [options]

【问题讨论】：

标签： r shell command-line external-process

【解决方案1】：

用paste构造你想执行的字符串并将它提供给system：

for(i in 1:10){
cmd=paste("export FOO=",i," ; echo \"$FOO\" ",sep='')
system(cmd)
}

注意使用sep='' 来阻止paste 插入空格，并在字符串中反引号以保留它们。

在运行前使用print(cmd) 而不是system(cmd) 进行测试，以确保构建正确的命令。也许可以：

if(TESTING){print(cmd)}else{system(cmd)}

并在运行前在 R 中设置 TESTING=TRUE 或 FALSE。

如果您要在每次 system 调用时运行多个 shell 命令，最好将它们全部放在一个 shell 脚本文件中并调用它，而不是从 R 传递参数。类似于：

cmd = paste("/home/me/bin/dojob.sh ",i,i+1)
system(cmd)

然后dojob.sh 是一个解析参数的shell 脚本。你需要学习更多的 shell 脚本。

【讨论】：