加入多个文件的特定列并将文件名保留为列名答案

【问题标题】：Join a specific column for several files and preserve file name as column name加入多个文件的特定列并将文件名保留为列名
【发布时间】：2020-04-21 17:26:36
【问题描述】：

我正在尝试合并一些制表符分隔的文件：

File_A.tsv

probeId   BetaVal    Annot
  a         1         X
  b         2         Y
  c         3         Z

File_B.tsv

probeId   BetaVal    Annot
  a         4         X
  b         5         Y
  c         6         Z

File_C.tsv

probeId   BetaVal    Annot
  a         7         X
  b         8         Y
  c         9         Z

如何按 BetaVal 列合并这些文件并将文件名稳定为列名（同时获得制表符分隔文件）？

probeId  File_A.tsv   File_B.tsv   File_C.tsv   Annot
  a           1           4             7         X
  b           2           5             8         Y
  c           3           6             9         Z

我正在尝试类似：

for file in *;
do
join -j 1 File_A file;
done

但这是不正确的。此外，我不确定如何将文件名写为列名。

【问题讨论】：

您好 Jeni，请说明您如何确定列标题应为 A、B 和 C？但我不会 join 会为你这样做......
文件中是否有前导空格或制表符以及尾随换行符，如图所示？
我不确定如何确定标题。实际上，标题可以是文件名（我已经编辑了问题）
如果所有 CSV 文件中的行数不同怎么办？
您保留最后一列？或者，您是否假设所有文件中的最后一列都相同？

标签： bash awk sed

【解决方案1】：

你可以使用这个gnu awk:

awk -v OFS='\t' '{
   a[$1][ARGIND] = (FNR==1?FILENAME:$2)
   b[$1] = $3
}
END {
   for (i in a) {
      printf "%s", i
      for(j in a[i])
         printf "%s%s", OFS, a[i][j]
      print OFS b[i]
   }
}' File_[ABC].tsv | column -t

probeId  File_A.tsv  File_B.tsv  File_C.tsv  Annot
a        1           4           7           X
b        2           5           8           Y
c        3           6           9           Z

【讨论】：

【解决方案2】：

echo -e "\nprobeId  File_A.tsv   File_B.tsv   File_C.tsv   Annot";\
join -o 1.1 1.2 2.2 2.3 -1 1 -2 1 File_A.tsv File_B.tsv|\
join -o 1.1 1.2 1.3 2.2 1.4 -1 1 -2 1 - File_C.tsv |\
awk '{printf(" %-8s %-12s %-12s %-12s %s\n", $1,$2,$3,$4,$5);}'|tail +2

probeId  File_A.tsv   File_B.tsv   File_C.tsv   Annot
 a        1            4            7            X
 b        2            5            8            Y
 c        3            6            9            Z

我假设第一列是关键字段，我试图猜测您的想法，但最好阅读这些链接进一步了解join：

https://linuxconfig.org/learning-linux-commands-join

https://landoflinux.com/linux_join_command.html

join multiple files

【讨论】：