【问题标题】:ModuleNotFoundError in SpyderSpyder 中的 ModuleNotFoundError
【发布时间】:2018-04-17 18:13:24
【问题描述】:

我尝试在 Spyder 中导入 biopython 包并收到错误消息:

ModuleNotFoundError: No module named 'biopython' 

虽然安装了 biopython。

我还检查了 PYTHONPATH:在存储包的目录中设置了一个路径。

有人可以帮忙吗?我错过了什么?感谢您的帮助!

【问题讨论】:

  • 你是如何安装 Spyder 的,你是如何安装 biopython 的?如果从命令行启动 Python 并在那里尝试 import biopython 会发生什么?
  • 我使用 anaconda navigator 安装了 spyder。我使用 pip install 命令安装了 Biopyhton。我试图从命令行导入 biopython,但我得到了同样的错误信息。我认为我发现了问题:似乎 biopython 文件夹不包含包本身,但我找到了与 biopython 一起安装的其他文件夹(例如 Bio、BioSQL),它们包含一些 python 脚本。 biopython 的文件夹(“biopython-1.7.1.dist-info”)或多或少是空的(一些文本文件)。也许命令 pip install 是安装 biopython 的错误(或其他)方式。
  • (这里是Spyder的维护者) 请看our video的第二部分了解如何解决这个问题。

标签: package spyder biopython


【解决方案1】:

如果您使用 Anaconda,最好尽可能从 Anaconda 安装您想要的所有软件包。您可以检查一个包是否可用(例如):

conda search biopython

当我尝试该命令时,它显示 biopython 可用,因此假设您可以访问标准 conda 通道,您应该可以通过这种方式获得它。

假设您尚未创建可使用的 conda 环境,请先使用您要使用的包创建一个新环境:

conda create -n myenvname spyder biopython

myenvname 是你想给环境起的名字——随便你怎么称呼它。如果您还想使用其他包,请将它们的名称添加到此命令的末尾。然后一旦 env 完成,激活它:

activate myenvname

或者如果这不起作用,在 Mac 或 Linux 上:

source activate myenvname

并在此环境中启动 Spyder:

spyder

以后每次你想使用这个环境时,你都需要先activate它。您也可以通过 Anaconda Navigator 或通过开始菜单快捷方式来完成其中一些任务,但命令行版本将始终有效。

如果您想要的包不能从 conda 获得,但可以通过 pip 获得,则只需在创建和激活环境之后使用pip 命令。

【讨论】:

  • 如果包不可用怎么办?或者如果列出了包(通过 conda list 命令确认)而 Spyder 看不到它怎么办?
【解决方案2】:

如果你使用 Anaconda,一个解决方案可能是

conda install -c main biopython 

关注https://anaconda.org/main/biopython。

当我收到您的错误消息时,官方存储库页面帮助了我,因为 numpy 没有到位。

【讨论】:

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