Perl 中的红色下划线（错误）答案

【问题标题】：Red underline (error) in PerlPerl 中的红色下划线（错误）
【发布时间】：2015-05-17 01:30:29
【问题描述】：

我正在使用 Perl 进行生物信息学项目。我们应该创建一个文件（在本例中为 chrom_seq.txt），然后让 Perl 读取它。但是，我认为终端无法识别该文件，因为我收到与 chrom_seq.txt 中的 h 相对应的错误，并且整个位显示为红色下划线。我尝试重新输入文件名并制作文件的新副本，但没有成功。有什么建议吗？

# PatMatch.txt => takes DNA sequence from user
# and returns the reverse complement
open ($DNA_Chromosome, “chrom_seq.txt”);
# Remove non-ATGC characters from strings
$DNA_Query =~ s/[^ATGC]//g;
$DNA_Chromosome =~ s/[^ATGC]//g;

【问题讨论】：

你遇到了什么错误？红色显示的是什么？你真的使用“ 和” 而不是双引号吗？你应该经常检查打开是否成功，如果只使用open(...) or die($!);。
尝试添加输入示例和预期输出
嗨，我得到的错误是“无法识别的字符 \xE2；标记为
将“chrom_seq.txt”更改为“chrom_seq.txt”stackoverflow.com/questions/29881571/…
您可能应该在脚本顶部添加use strict; use warnings;。您应该检查您是否成功打开了文件。您可能不应该尝试使用正则表达式编辑文件句柄。您将文件句柄中的一行数据读入其他变量，然后修复内容：while (my $line = <$DNA_Chromosome>) { $line =~ s/[^ATGC]//g; ... } 或附近。（您可以将其缩写为：while () { s/[^ATGC]//g; ... }` 使用“隐式”变量$_。

标签： perl

【解决方案1】：

诊断 - 引用有问题 - 从 ikegami 和 keety 窃取。

一般建议：对于故障排除，请降低复杂性。使用

use strict;
use warnings;

#print “chrom_seq.txt”;  # error: Unrecognized character \x93 in column 7 at 30282450.pl line 4.
#print 'chrom_seq.txt'; # 'works'
print qw(chrom_seq.txt); # last resort

输出：

perl 30282450.pl
chrom_seq.txt

获得对诊断的信心。

补救措施：使用合适的编辑器（十六进制视图、编码），不要从花哨格式（例如 PDF）的源中复制/粘贴。

【讨论】：