ggplot2 & stat_ellipse：围绕多组点画椭圆答案

【问题标题】：ggplot2 & stat_ellipse: Draw ellipses around multiple groups of pointsggplot2 & stat_ellipse：围绕多组点画椭圆
【发布时间】：2014-06-17 16:22:33
【问题描述】：

这可能是一个简单的问题，但我正在尝试在我的 PCoA 图上围绕我的治疗绘制椭圆。

我的数据框（sc）是：

             MDS1        MDS2 Treatment
X1xF1 -0.19736183 -0.24299825   1xFlood
X1xF2 -0.17409568 -0.29727596   1xFlood
X1xF3 -0.15272444 -0.28553837   1xFlood
S1    -0.06643271  0.47049959     Start
S2    -0.15143350  0.31152966     Start
S3    -0.26156297  0.12296849     Start
X3xF1  0.29840827  0.04581617  3xFloods
X3xF2  0.50503749 -0.07011503  3xFloods
X3xF3  0.20016537 -0.05488630  3xFloods

我的代码是：

ggplot(data=sc,(aes(x=MDS1,y=MDS2,colour = Treatment)))+geom_point(size=3)+
  ggtitle("PCoA of samples at 'class' level(method='Bray')\n",sep=''))+
  theme_bw()+guides(colour = guide_legend(override.aes = list(size=3)))+
  stat_ellipse()

它绘制 PCoA 直到 stat_ellipse()。我已经用各种参数进行了尝试，充其量我可以为整个情节获得一个椭圆（尽管我现在似乎无法重现它）。

我所追求的是三种治疗方法的三个 CI 椭圆，颜色与治疗方法相同。任何帮助将不胜感激！

谢谢。

【问题讨论】：

最小的可重现示例。当您试图专注于如何绘制椭圆的问题时，这有点令人费解。
好点，谢谢。我已经删除了创建数据框的垃圾，只留下了 ggplot2 代码。

标签： r ggplot2 ellipse

【解决方案1】：

ggplot 包中没有stat_ellipse(...)，所以你一定是从其他地方取回了它。愿意分享吗？？我知道至少有两个版本，here 和here。这些似乎都不适用于您的数据集，这很奇怪，因为两者都适用于其他数据集。

我最终还是选择在ggplot 外部生成椭圆，这实际上并不难。

library(ggplot2)
library(ellipse)
centroids <- aggregate(cbind(MDS1,MDS2)~Treatment,sc,mean)
conf.rgn  <- do.call(rbind,lapply(unique(sc$Treatment),function(t)
  data.frame(Treatment=as.character(t),
             ellipse(cov(sc[sc$Treatment==t,1:2]),
                     centre=as.matrix(centroids[t,2:3]),
                     level=0.95),
             stringsAsFactors=FALSE)))

ggplot(data=sc,(aes(x=MDS1,y=MDS2,colour = Treatment)))+
  geom_point(size=3)+
  geom_path(data=conf.rgn)+
  ggtitle(paste("PCoA of samples at 'class' level(method='Bray')\n",sep=''))+
  theme_bw()+
  guides(colour = guide_legend(override.aes = list(size=3)))

【讨论】：

主要问题是 stat_ellipse() 是 car::ellipse() 和 geom_path() 的包装函数，当数据品脱数量有限时，它的默认参数会跳闸。跨度>
感谢 jlhoward。 stat_ellipse() 来自 devtools，抱歉我忘了提。我试过使用你的代码，但没有出现省略号，它只是生成正常的图，我不知道为什么......
尝试重新启动 R，然后完全复制/粘贴代码。
不幸的是，这不起作用。当我在运行您的函数后键入 conf.rgn 时，我得到一个 300 x 3 的数据框，其中 col 1 作为处理（每次处理 100 x），col2 和 3 作为 MDS1 和 MDS2。最后两列是“NA”，所以我认为这就是问题所在。
很难说这里发生了什么。您是否收到任何错误消息或警告？您生成sc 的代码是否加载任何包？如果您加载car 包，或者如果您加载需要car 的包，则会屏蔽ellipse(...) 函数。但这应该会导致错误消息。