可能使用两种色标（解决方法）？

Question

我正在尝试将 18 个实验地块中 2 个物种的昆虫数量绘制到一个图表上。由于第二个物种种群的高峰期较晚，因此在视觉上是可行的（见下图）。我希望物种 1 的 18 条种群为绿色（使用 RColorBrewer 的“Greens”），而物种 2 的 18 条种群为红色（使用“Reds”）。我确实意识到这对于色盲观众来说可能是个问题，但这在这里无关紧要。

我在这里读到，使用标准 ggplot2 选项是不可能的：R ggplot two color palette on the same plot 但这篇文章已有两年多的历史了。

积分有一个简短的“作弊”：Using two scale colour gradients ggplot2，但由于我更喜欢​​线条来显示时间的人口，所以我不能使用它。

是否有任何新的“秘籍”可用于此？ 或者有没有人有另一个想法来可视化我的数据，以在所有图中显示人口趋势随时间变化并显示峰值时间的差异？我在底部添加了一张图片，显示了我的真实数据，但所有数据都采用相同的色标。

示例代码

# example data frame
plot <- as.factor(rep(c("A","B","C"),each=5))
time <- as.numeric(rep(c(1:5),times=3))
S1 <- c(1,4,7,5,2, 2,8,9,3,1, 1,6,6,3,1)
S2 <- c(0,0,2,3,2, 1,2,1,5,3, 0,1,1,6,7)
df <- data.frame(time, plot, S1, S2)

# example colour scales
S1Colours <- colorRampPalette(brewer.pal(9,"Greens"))(3)
S2Colours <- colorRampPalette(brewer.pal(9,"Reds"))(3)
names(S1Colours) <- levels(df$plot)
names(S2Colours) <- levels(df$plot)

# example plot
ggplot(data=df) +
  geom_line(aes(x=time, y=S1, colour=plot)) +
  geom_line(aes(x=time, y=S2, colour=plot)) +
  scale_colour_manual(name = "plot", values = S1Colours) +
  scale_colour_manual(name = "plot", values = S2Colours)
  # this gives the note "Scale for 'colour' is already present. Adding another scale for 'colour', which will replace the existing scale."

绘制真实数据

Answer 1

我也会为所有组合创建手动色标。

library(tidyverse)
library(RColorBrewer)
df_long=pivot_longer(df,cols=c(S1,S2),names_to = "Species",values_to = "counts") %>% # create long format and
  mutate(plot_Species=paste(plot,Species,sep="_")) # make identifiers for combined plot and Species 


#make color palette
mycolors=c(colorRampPalette(brewer.pal(9,"Greens"))(sum(grepl("S1",unique(df_long$plot_Species)))),
         colorRampPalette(brewer.pal(9,"Reds"))(sum(grepl("S2",unique(df_long$plot_Species)))))
names(mycolors)=c(grep("S1",unique(df_long$plot_Species),value = T),
                grep("S2",unique(df_long$plot_Species),value = T))


# example plot
ggplot(data=df_long) +
  geom_line(aes(x=time, y=counts, colour=plot_Species)) +
  scale_colour_manual(name = "Species by plot", values = mycolors)

Answer 2

您可以使用ggnewscale 包轻松完成此操作（免责声明：我是作者）。

你会这样做：

library(RColorBrewer)
library(ggplot2)
library(ggnewscale)


plot <- as.factor(rep(c("A","B","C"),each=5))
time <- as.numeric(rep(c(1:5),times=3))
S1 <- c(1,4,7,5,2, 2,8,9,3,1, 1,6,6,3,1)
S2 <- c(0,0,2,3,2, 1,2,1,5,3, 0,1,1,6,7)
df <- data.frame(time, plot, S1, S2)

# example colour scales
S1Colours <- colorRampPalette(brewer.pal(9,"Greens"))(3)
S2Colours <- colorRampPalette(brewer.pal(9,"Reds"))(3)
names(S1Colours) <- levels(df$plot)
names(S2Colours) <- levels(df$plot)


ggplot(data=df) +
  geom_line(aes(x=time, y=S1, colour=plot)) +
  scale_colour_manual(name = "plot 1", values = S1Colours) +

  new_scale_color() +

  geom_line(aes(x=time, y=S2, colour=plot)) +
  scale_colour_manual(name = "plot 2", values = S2Colours)

^{由reprex package (v0.3.0) 于 2019 年 12 月 19 日创建}