ggplot 两种颜色 geom_point 与 alpha

Question

您好，我正在尝试使用 ggplot 覆盖在同一坐标处进行的不同测量值。测量具有不同条件下的 X 和 Y 坐标和强度值。我希望以不同的颜色绘制强度值，并且都可以通过使用 alpha 来显示。我尝试了 alpha/color 和 fill 参数的不同组合，但似乎找不到合适的组合。任何帮助将不胜感激

library(ggplot2)
library(reshape2)

#sample data
data <- data.frame(coordX = c(5, 10, 15, 20), coordY = c(5, 10, 20, 30), var1 = c(0.0, 0.02, 0.02, 0.02), var2 = c(0.34, 0.26, 0.31, 0.28))

library(reshape2)

#my best attempt so far
ggplot(data = melt(data, id.vars = c("coordX", "coordY"), value.name = "pixel.intensity"), aes(x = coordX, y = coordY)) + geom_point(aes(color= variable, fill = pixel.intensity, alpha =0.5))

Answer 1

如果我对您的理解正确，您想在同一位置绘制来自两个不同组的两个点，但是这两个组的颜色不同。每个点的 alpha 将由第四个连续变量控制，因此每个绘制位置的表观颜色将是两种颜色的混合，根据第四个变量加权。

这有点有效，但没有你希望的那么好，原因有很多。

首先，您提供的数据太不平衡，不利于第二组，所以点基本上都会显示为蓝色。因此，我们需要 pixel.intensity 变量的不同值来显示效果确实有效：

library(ggplot2)

df <- structure(list(coordX = c(5, 10, 15, 20, 5, 10, 15, 20), coordY = c(5, 
10, 20, 30, 5, 10, 20, 30), variable = structure(c(1L, 1L, 1L, 
1L, 2L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("var1", "var2"), class = "factor"), 
    pixel.intensity = c(0, 0.42, 0.51, 0.02, 0.34, 0.1, 0.15, 
    0.28)), row.names = c(NA, -8L), class = "data.frame")


ggplot(df, aes(x = coordX, y = coordY)) + 
  geom_point(aes(alpha = pixel.intensity, color = variable), size = 5) +
  scale_alpha_identity()

您可以看到，除了灰色、褪色的色调之外，您需要在 alpha 上有很大的差异。此外，如果两个 alpha 值都较低，则这些点会非常微弱。

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编辑

从 OP 的 cmets 可以看出，我们实际上是在讨论混合 RGB 颜色。在这种情况下，假设我们有以下数据框，红色、蓝色和绿色的强度在 0 和 1 之间缩放：

red   <- rep(c(seq(0, 1, 0.1), rep(1, 10)), 21)
green <- rep(c(rep(1, 10), seq(1, 0, -0.1)), 21)
blue  <- rev(rep(c(seq(0, 1, 0.1), rep(1, 10)), each = 21))
red   <- red * rev(blue)
green <- green * rev(blue)

x <- rep(0:20, 21)
y <- rep(0:20, each = 21)

df <- data.frame(x, y, red, blue, green)

然后我们可以通过简单地绘制 rgb 值；

df$rgb <- rgb(red, green, blue)

ggplot(df, aes(x, y, color = rgb)) + geom_point(size = 5) + scale_color_identity()

或者如果您想实际模拟像素：

ggplot(df, aes(x, y, fill = rgb)) + geom_tile() + scale_fill_identity()

^{由reprex package (v0.3.0) 于 2020 年 8 月 2 日创建}

Answer 2

这有帮助吗？

#sample data
data <- data.frame(coordX = c(5, 10, 15, 20), coordY = c(5, 10, 20, 30), var1 = c(0.0, 0.02, 0.02, 0.02), var2 = c(0.34, 0.26, 0.31, 0.28))

library(reshape2)
data2 = melt(data, id.vars = c("coordX", "coordY"), value.name = "pixel.intensity")

ggplot(data2,
       aes(x = jitter(coordX), y = jitter(coordY), 
           alpha = pixel.intensity, color = variable, fill= variable)) + 
  geom_point() +
  theme_bw()

我从代码中提取了熔体，以便更容易查看数据，并且我稍微搜索了一下变量，以便您可以看到两者。