选择特定列仅在 Python 中形成数据框

Question

使用 python 和 pandas 作为 pd，我正在尝试输出一个文件，该文件具有基于特定标题的列子集。

这是一个输入文件的例子

gene_input = pd.read_table(args.gene, sep="\t" ,index_col=0)

gene_input的结构：

样品1 样品2 样品3 样品4 样品5 样品6 样品7 样品8 基因1 2 23 213 213 13 132 213 4312 基因2 3 12 21312 123 123 23 4321 432 基因3 5 213 21312 15 516 3421 4312 4132 基因4 2 123 123 7 610 23 3214 4312 基因5 1 213 213 1 152 23 1423 3421

使用不同的循环，我生成了两个字典。第一个有键（Sample 1 和 Sample 7），第二个有键（Sample 4 和 8）。

我想要以下输出（请注意，我希望每个词典中的样本是连续的；即首先是所有词典 1，然后是所有词典 2）： 我正在寻找的输出是：

样品 1 样品 7 样品 4 样品 8 基因1 2 213 213 4312 基因2 3 4321 123 432 基因3 5 4312 15 4132 基因4 2 3214 7 4312 基因5 1 1423 1 3421

我尝试了以下方法，但都没有成功：

key_num=list(dictionary1.keys())
num = genes_input[gene_input.columns.isin(key_num)]

为了提取第一组列，然后以某种方式组合它，但失败了。它一直给我属性错误，我确实更新了熊猫。我还尝试了以下方法：

reader = csv.reader( open(gene_input, 'rU'), delimiter='\t')
header_row = reader.next() # Gets the header

for key, value in numerator.items():
    output.write(key + "\t")
    if key in header_row:
        for row in reader:
            idx=header_row.index(key)
            output.write(idx +"\t")

以及其他一些命令/循环/行。有时我只得到第一个键只在输出中，有时我得到一个错误；取决于我尝试过的方法（为方便起见，我没有在这里全部列出）。

无论如何，如果有人对我如何生成感兴趣的输出文件有任何意见，我将不胜感激。

再次，这是我想要的最终输出：

样品 1 样品 7 样品 4 样品 8 基因1 2 213 213 4312 基因2 3 4321 123 432 基因3 5 4312 15 4132 基因4 2 3214 7 4312 基因5 1 1423 1 3421

Answer 1

对于特定顺序的一组特定列，请使用：
df = gene_input[['Sample1', 'Sample2', 'Sample4', 'Sample7']]

如果您需要自动创建该列表 (['Sample1',...])，并且名称如给定，您应该能够构建两个列表，将它们组合然后排序：
@ 987654322@

您拥有的名称应该正确排序。对于输出，您应该可以使用：
df.to_csv(<output file name>, sep='\t')

编辑：添加关于输出的部分