R - 用栅格创建箱线图答案

【问题标题】：R - create boxplot with rastersR - 用栅格创建箱线图
【发布时间】：2016-05-26 10:43:37
【问题描述】：

这可能相当简单，但我是 R 的新手。我已经尝试了一段时间，使用包栅格中的箱线图绘制两个栅格。

我有一个 DEM 栅格和一个包含 4 个集群组的分类栅格，我想按照手册中的说明将它们用作“区域”：

箱线图(x, y=NULL, maxpixels=100000, ...)

x 光栅* 对象

y 如果 x 是 RasterLayer 对象，则 y 可以是附加的 RasterLayer 以对 'zone' 的 x 值

> DEM
class       : RasterLayer 
dimensions  : 12381, 61922, 766656282  (nrow, ncol, ncell)
resolution  : 0.1, 0.1  (x, y)
extent      : 478307.4, 484499.6, 6131862, 6133100  (xmin, xmax, ymin, ymax)
coord. ref. : +proj=utm +zone=32 +ellps=GRS80 +units=m +no_defs 
data source : /Users/Yvonne/Desktop/Boxplot/Ribe_DEM_0.1m.tif 
names       : Ribe_DEM_0.1m 
values      : -7.523334, -0.36  (min, max)

> Cluster
class       : RasterLayer 
dimensions  : 12381, 61922, 766656282  (nrow, ncol, ncell)
resolution  : 0.1, 0.1  (x, y)
extent      : 478307.4, 484499.6, 6131862, 6133100  (xmin, xmax, ymin, ymax)
coord. ref. : +proj=utm +zone=32 +ellps=GRS80 +units=m +no_defs 
data source : /Users/Yvonne/Desktop/Boxplot/final_cluster.tif 
names       : final_cluster 
values      : 1, 4  (min, max)
attributes  :
 ID Rowid   COUNT
  1     0  463524
  2     1 4118997
  3     2 3390160
  4     3 3218998

> boxplot(DEM, Cluster, xlab="Cluster", ylab="Elevation")
Error in parse(text = x, keep.source = FALSE) : 
  <text>:2:0: unexpected end of input
1:  ~ 
   ^
In addition: Warning message:
In .local(x, ...) : taking a sample of 1e+05 cells

更新：
我刚刚找到了一个工作示例，它完全符合我的要求。但是，如果我用自己的数据运行它，我总是会遇到错误。也许有人可以解释错误信息。将不胜感激。

r1 <- r2 <- r3 <- raster(ncol=10, nrow=10)
r1[] <- rnorm(ncell(r1), 100, 40)
r2[] <- rnorm(ncell(r1), 80, 10)
r3[] <- rnorm(ncell(r1), 120, 30)
s <- stack(r1, r2, r3)
names(s) <- c('A', 'B', 'C')  

rc <- round(r1[[1]]/100)

hist(rc)
summary(rc)

boxplot(s[[1]],rc)

【问题讨论】：

标签： r boxplot r-raster

【解决方案1】：

好吧，我找到了答案，我不知道为什么，但它对我有用：
我必须创建一块砖，然后我可以使用上面提到的箱线图。

s <- stack(DEM, Cluster)
sbrick <- brick(s)  
boxplot(sbrick[[1]], sbrick[[2]], xlab="Cluster", ylab="Elevation")

导致这个情节boxplot DEM against cluster groups
感谢大家的帮助！

【讨论】：

【解决方案2】：

您可以使用rasterVis 库中的bwplot 函数。以下是 rasterVis 的示例：

library(raster)
library(rasterVis)

r <- raster(system.file("external/test.grd", package="raster"))
s <- stack(r, r*2)
bwplot(s,violin=FALSE,strip=strip.custom(strip.levels=TRUE))

【讨论】：

谢谢，我试过了，但结果是两个栅格彼此相邻而不是反对！[Resulting boxplot] (dl.dropboxusercontent.com/u/32919877/Rplot.jpeg?raw=1)。
bwplot (dem, cluster) 应该可以解决您的问题。您还可以使用 zonal 函数手动创建箱线图。

【解决方案3】：

我不清楚您为什么会收到该错误。或许你可以运行下面的代码，自己看看：

x <- stack(DEM, Cluster)
s <- sampleRegular(s, 100000, useGDAL=TRUE)
cn <- colnames(s)
f <- as.formula(paste(cn[1], '~', cn[2]))
boxplot(f, data=s)

【讨论】：

我在创建“f”对象后收到一条错误消息。 Error in parse(text = x, keep.source = FALSE) 可能是因为 cn 对象为 NULL（空）。但我可能刚刚找到了我正在检查的解决方案。

【解决方案4】：

也许您应该只提供您的栅格值作为矢量，然后让boxplot() 函数通过以下方式完成其余工作：

boxplot(values(DEM) ~ values(Cluster), xlab="Cluster", ylab="Elevation")

请注意，这仅在 DEM 和集群的范围和分辨率完全相同时才有效。

【讨论】：