使用扩展类代替基类

Question

Java 1.6。我扩展了一个类以包含一些方法。现在我想用扩展类代替基类。但是，可以使用基类的类不能“识别”扩展类。什么是（推荐的）修复？

我知道这个问题已经被问过很多次了，但我不明白！

示例- 扩展类 SAMRecord 并使用 SAMRecordExt 后缀：

public class SAMRecordExt extends SAMRecord{

    public SAMRecordExt(SAMFileHeader header) {
        super(header);
    }       

}

现在，虽然这可行：

SAMRecord rec= sam.iterator().next();

这给了我一个编译错误

SAMRecordExt recext= sam.iterator().next();
>>> Type mismatch: cannot convert from SAMRecord to SAMRecordExt

不出所料，这也不起作用（运行时错误）：

SAMRecordExt recext= (SAMRecordExt) sam.iterator().next();
>>> Exception in thread "main" java.lang.ClassCastException: htsjdk.samtools.SAMRecord cannot be cast to markDupsByStartEnd.SAMRecordExt
at markDupsByStartEnd.Main.main(Main.java:96)

如何使扩展类在基类工作的地方工作？

编辑：有关我正在使用的类的更多详细信息。 sam对象来自

SamReaderFactory sf = SamReaderFactory.makeDefault();
SamReader sam= sf.open(new File(insam));

完整文档是https://samtools.github.io/htsjdk/javadoc/htsjdk/index.html

Answer 1

问题是：

sam.iterator().next()

返回一个SAMRecord 对象

这意味着

SAMRecordExt recext= sam.iterator().next();

将不起作用，因为无法将超类分配给子类变量。

一般的问题是子类比超类更具体 这就是为什么您不能将超类对象分配给子类变量的原因，因为超类不知道子类需要知道的事情。

另一方面，子类知道超类的细节和更多细节，这意味着您可以将子类对象分配给超类变量。

问题的解决方案： （编辑）

通常您扩展类并能够覆盖迭代器方法并返回您想要的类型的构造良好的迭代器。

但我在这里看到的问题是工厂创建了 SamReader 类型的 obj，您可以使用它来迭代 SamRecords

所以 -> 您必须扩展工厂以返回其他类型的 SamReader 并稍后迭代您希望的记录类型，请参阅

Factory类的源码：

https://github.com/samtools/htsjdk/blob/master/src/java/htsjdk/samtools/SamReaderFactory.java