R 函数的最后一行阻止绘图

Question

我真的很想知道为什么当我在函数 foo1 中保留最后一行 (sigma) 时，我的 plot 调用停止工作，但是当我删除 foo2 中的最后一行时，plot 调用工作好吗？！

注意： 我的理解是 plot 应该显示在函数中的任何位置，例如：

foo3 <- function(x = 1:3){; plot(x); return(x); }; foo3()

我需要保留最后一行，但我还需要绘图，这可以修复吗？

library(lme4)
library(emmeans)

h <- read.csv('https://raw.githubusercontent.com/hkil/m/master/h.csv')
h$year <- as.factor(h$year)
m <- lmer(scale~ year*group + (1|stid), data = h)

foo1 <- function(fit, plot = T){

  vc <- VarCorr(fit)
  f  <- as.formula(bquote(pairwise ~ .(terms(fit)[[3]])))
  ems <- emmeans(fit, f, infer = c(T, T))

  if(plot) plot(ems)

  ## Why having this line prevents plotting?
  sigma <- sqrt(sum(as.numeric(c(attr(vc[[1]], "stddev"), attr(vc, "sc")))^2)) 
}

###### EXAMPLE: Will NOT plot !!! 
foo1(m, plot = T)

但只需删除foo1 的最后一行，情节就可以正常工作了！

foo2 <- function(fit, plot = T){

  f <- as.formula(bquote(pairwise ~ .(terms(fit)[[3]])))   
  ems <- emmeans(fit, f, infer = c(T, T))

  if(plot) plot(ems)
}

###### EXAMPLE: NOW plots fine !!!
foo2(m, plot = T)          

Answer 1

意外行为的根本原因是emmeans 使用ggplot2 作为绘图方法。您可以查看函数emmeans:::.plot.srg 的代码。这就是为什么您可以将绘图存储在对象 (p) 和 print 它中：

foo1 <- function(fit, plot=TRUE) {
  vc <- VarCorr(fit)
  f <- as.formula(bquote(pairwise ~ .(terms(fit)[[3]])))
  ems <- emmeans(fit, f, infer=c(TRUE, TRUE))
  sigma <- sqrt(sum(as.numeric(c(attr(vc[[1]], "stddev"), attr(vc, "sc")))^2))
  p <- plot(ems)
  if(plot) print(p)
  return(sigma)
}

foo1(m, plot=TRUE)  ## plots
# [1] 126.6106

直观地说，我们期望您的 foo3 <- function(x = 1:3){; plot(x); return(x); }; foo3() 示例中的行为：

foo2 <- function(x, plot=TRUE) {
  y <- seq_len(x)^2
  if(plot) plot(seq_len(x), y)
  return(y)
}
foo2(20)  ## plots
# [1]   1   4   9  16  25  36  49  64  81 100 121 144 169
# [14] 196 225 256 289 324 361 400

但是当一个人使用ggplot 时，这会有所不同。当我们不存储"ggplot" 对象时，下面一行将“覆盖”绘图。

library(ggplot2)
foo3a <- function(x, plot=TRUE) {
  y <- seq_len(x)^2
  if(plot) ggplot(mapping=aes(seq_len(x), y)) + geom_point()
  return(y)  ## try to comment/un-comment this line
}
foo3a(20)  ## won't plot, just output of y (depending on `return`)

因此，如果它不是函数的最后一行，我们实际上必须 print "ggplot" 对象（我通过将绘图存储在函数 p 中的函数 foo3b 中来显示这一点）。

foo3b <- function(x, plot=TRUE) {
  y <- seq_len(x)^2
  p <- ggplot(mapping=aes(seq_len(x), y)) + geom_point()
  if(plot) print(p)
  return(y)  ## try to comment/un-comment this line (works in both cases)
}
foo3b(20)  ## plots
# [1]   1   4   9  16  25  36  49  64  81 100 121 144 169
# [14] 196 225 256 289 324 361 400

请注意，return 的使用也很有用。

Answer 2

嗯，这是有道理的，因为在 foo2 中，plot 是函数中的最后一个命令，它会返回该命令，而在 foo1 中并非如此。

如果你想plot然后做一些额外的计算，一个简单的方法是在函数中print它。

foo1 <- function(fit, plot = T){

   vc <- VarCorr(fit)
   f <- as.formula(bquote(pairwise ~ .(terms(fit)[[3]])))

   ems <- emmeans(fit, f, infer = c(T, T))
   if(plot) print(plot(ems))
   sigma <- sqrt(sum(as.numeric(c(attr(vc[[1]], "stddev"), attr(vc, "sc")))^2)) 
}

那么如果你运行foo1

x <- foo1(m, plot = T)
x
#[1] 126.61

它从函数返回sigma 值，因为我们使用print 它也使用plots。