R 包在批处理模式下不可用答案

【问题标题】：R package not available in batch modeR 包在批处理模式下不可用
【发布时间】：2019-06-21 13:08:05
【问题描述】：

我一直在运行一个 bash 脚本（在 Ubuntu 下），它调用并运行一些 R 脚本以使用 ggplot2 绘制一些地图。由于它是一个生产系统，我不会更新任何新的 R 或软件包版本。但最近我尝试安装 plotly 并输出错误消息。

现在，当尝试运行脚本时（通过浏览器调用 php 网页；这在很长一段时间内都运行良好），蜡笔包的错误会停止并退出脚本而不绘制地图。

    '/usr/lib/R/bin/R --slave --no-restore --no-save --no-restore --file=./RAMS-mapa-onades-zones-manual.R'
    Loading required package: sp
    Loading required package: methods
    Checking rgeos availability: TRUE
    Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'pillar', details:
      call: loadNamespace(name)
      error: there is no package called 'crayon'
    Error: package or namespace load failed for 'ggplot2'
    Execution halted

但如果我从终端运行或使用 RStudio 服务器运行 crayon 包，ggplot2 也会正确加载，并生成地图。

crayon 包（位于 /home/meteo/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.1）称为

library("crayon", lib.loc= c("/home/meteo/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.1", "/usr/local/lib/R/site-library", "/usr/lib/R/library"))

Rstudio 服务器上的 R 会话信息：

> sessionInfo()
R version 3.2.2 (2015-08-14)
Platform: i686-pc-linux-gnu (32-bit)
Running under: Ubuntu precise (12.04.5 LTS)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C         LC_TIME=C            LC_COLLATE=C         LC_MONETARY=C        LC_MESSAGES=C       
 [7] LC_PAPER=C           LC_NAME=C            LC_ADDRESS=C         LC_TELEPHONE=C       LC_MEASUREMENT=C     LC_IDENTIFICATION=C 

attached base packages:
[1] grid      stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
 [1] crayon_1.3.4    rgdal_0.9-1     rgeos_0.3-8     raster_2.3-24   gpclib_1.5-5    mapproj_1.2-2   maps_2.3-9     
 [8] stringr_0.6.2   plyr_1.8.1      ggplot2_3.2.0   maptools_0.8-34 sp_1.2-3       

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_1.0.1       magrittr_1.5     tidyselect_0.2.5 munsell_0.5.0    colorspace_1.2-4 lattice_0.20-33  R6_2.4.0        
 [8] rlang_0.3.4      dplyr_0.8.1      tools_3.2.2      gtable_0.1.2     withr_2.1.2      digest_0.6.8     lazyeval_0.2.2  
[15] assertthat_0.2.1 tibble_2.1.3     purrr_0.3.2      glue_1.3.1       labeling_0.3     pillar_1.4.1     scales_1.0.0    
[22] foreign_0.8-66   pkgconfig_2.0.2

可能是版本冲突？如何检查？

【问题讨论】：

如果我理解正确，当您运行 /RAMS-mapa-onades-zones-manual.R 时会发生错误。该脚本是否包括像library("crayon", lib.loc= c("/home/meteo/.... 这样加载蜡笔包？当从/RAMS-mapa-onades-zones-manual.R 调用/添加到/RAMS-mapa-onades-zones-manual.R 时，您能否给出print(.libPahts()) 的输出？
嗨@BigDataScientist。 print(.libPaths()) 给出错误消息 > print(.libPahts()) Error in print(.libPahts()) : error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'print': Error: could not find function ".libPahts"
如果我从 RStudio 服务器运行脚本，它工作正常，无需调用蜡笔。如果我（在浏览器窗口内）运行一个调用具有 R CMD BATCH script.R 的 bash 脚本的 php 脚本，那么它会因有关蜡笔的这条消息而崩溃。我添加了对蜡笔的显式调用以尝试解决问题，但它没有奏效。
sry 错字，是.libPaths()，...
您的会话信息表明您使用的是 R 3.2.2，但您的库路径指向 R 3.1？您可能应该使用 library 而不明确指出路径，并为您实际使用的 R 版本安装任何缺少的包。

标签： r package

【解决方案1】：

/usr/lib/R/bin/R 中的 R 是什么版本？基本上，您似乎处于轻微的“依赖地狱”中，我会运行/usr/lib/R/bin/R 并检查那里是否安装了蜡笔。 @Alexis 是正确的，混合这样的版本是不明智的。除非您尝试分离包，否则让 R 处理库位置。检查 3.2.2 的库并查看是否安装了蜡笔。你可能已经切换了你的 R 版本，因为 plotly 依赖于 R >=3.2.0 https://cran.r-project.org/web/packages/plotly/

我认为简单的解决方法是更正您的 .libpaths() ，即不调用 3.1 库并安装您需要的正确版本的软件包。

或

从 R 3.2 切换回 R 3.1

【讨论】：

刚刚更新到 R 3.2.5。从命令行加载包。在 RStudio Server 中，脚本使用library() 可以正常调用，但是现在在批处理模式下运行时，它是lattice 给出了错误消息。尝试将.libPaths(c("/usr/local/lib/R/site-library","/usr/lib/R/site-library","/usr/lib/R/library")) 添加到脚本中，但错误仍然存在。可能是用户权限问题？
可能没有权限。您只是没有在 Rstudio usr 库和控制台库中安装这些库。请记住，Rstudio 使用单独的库。使用 sys.getEnv() 来查看差异。