【发布时间】：2016-12-31 01:08:01
【问题描述】：
我正在尝试将我的 Ipython 笔记本代码移动到 python。但我有错误
fatal error: 'numpy/arrayobject.h' file not found
#include "numpy/arrayobject.h"
，即使我在设置中包含了 numpy
我的 setup.py：
from distutils.core import setup, Extension
from Cython.Build import cythonize
import numpy
setup(
ext_modules=cythonize("Trajectory.pyx"),
include_dirs=[numpy.get_include()]
)
Trajectory.pyx 文件
cimport numpy as np
import numpy as np
我在 osX，Python 2.7.10 上运行
它还在错误之前为我提供了此信息，希望这有助于识别问题： clang -fno-strict-aliasing -fno-common -dynamic -isysroot /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Platforms/MacOSX.platform/Developer/SDKs/MacOSX10.11.sdk -I/Applications/Xcode.app/ Contents/Developer/Platforms/MacOSX.platform/Developer/SDKs/MacOSX10.11.sdk/System/Library/Frameworks/Tk.framework/Versions/8.5/Headers -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall -Wstrict-prototypes -我/usr/local/include -I/usr/local/opt/openssl/include -I/usr/local/opt/sqlite/include -I/usr/local/Cellar/python/2.7.10_2/Frameworks/Python。 framework/Versions/2.7/include/python2.7 -c Trajectory.c -o build/temp.macosx-10.11-x86_64-2.7/Trajectory.o
当我跑的时候
import numpy
numpy.get_include()
我明白了：
'/usr/local/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include'
然后我查看目录，/numpy/arrayobject.h 就在那里。所以我真的不知道为什么它说没有这样的文件
【问题讨论】：
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documentation 建议您应该将
include_path传递给cythonize或include_dirs传递给Extension类。您似乎将include_dirs传递给setup，这可能无法识别。 -
嗨，谢谢。现在我让它以一种非常奇怪的方式工作。我首先执行 ext_modules=cythonize("Trajectory.pyx") 生成 Trajectory.c，但出现上述相同的错误。然后，使用 ext_modules=[ Extension("Trajectory", ["Trajectory.c"], include_dirs=[numpy.get_include()]),] 重新编译。生成.so.....知道如何纠正这个吗？
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我认为你应该要么做
ext_modules = cythonize("Trajectory.pyx",include_path=[np...])要么做ext_modules=cythonize([Extension(...,include_dirs=[np...])]) -
是的。这就是我所做的......但我必须先使用 cythonize 生成 .c 文件，然后使用扩展名（并注释掉 cythinize 位）以获得最终的 .so。如果我只使用它们中的任何一个，我都会遇到同样的错误。
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由于某种原因，include_dirs 和 include_parth 都无法正确添加。我最后使用 os.environ 解决了这个问题： os.environ["CPPFLAGS"] = os.getenv("CPPFLAGS", "") + "-I" + numpy.get_include()
标签： python numpy cython cythonize